Проспект появился на картах города в 1836 году. Его наименование, как и название некоторых других топонимовАптекарского острова, связано с располагавшимся здесь с начала XVIII века Аптекарским огородом, позднее преобразованным в Императорский Ботанический сад.
Дом 4 (наб. реки Карповки, 5 / ул. Профессора Попова, 6) — здание ОАО «Ленполиграфмаш».
Дом 6 (ул. Профессора Попова, 4) — особняк Я. И. Трусевича. Здание в стиле модерн (1911—1912, арх. Оль А. А.). В 1919 году в доме открылся первый в России химико-фармацевтический институт. В 1932—1977 годах в доме проживал советский географ С. И. Калесник, в 1941 году — советская поэтесса В. М. Инбер.
Дом 8 (ул. Профессора Попова, 7) — доходный дом (1913, арх. Г. Я. Гевирц).
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы?: О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Ленинграда. — 3-е изд., испр. и доп. — Л.: Лениздат, 1985. — С. 433. — 511 с.
Горбачевич К. С., Хабло Е. П. Почему так названы?: О происхождении названий улиц, площадей, островов, рек и мостов Санкт-Петербурга. — 4-е изд., перераб. — СПб.: Норинт, 1996. — С. 297. — 359 с. — ISBN 5-7711-0002-1.
Городские имена сегодня и вчера: Петербургская топонимика / сост. С. В. Алексеева, А. Г. Владимирович, А. Д. Ерофеев и др. — 2-е изд., перераб. и доп. — СПб.: Лик, 1997. — С. 22. — 288 с. — (Три века Северной Пальмиры). — ISBN 5-86038-023-2.