С 1815 года Наполеон Бонапарт находился в ссылке на острове Святой Елены, при этом вопросами его здоровья бывшего императора занимался его личный врач О’Мира. В 1818 году губернатору острова Хадсону Лоу, чрезвычайно опасавшемуся всех, кто был верен Наполеону, удалось добиться остранения О’Миры, и тот покинул остров. Антоммарки занял место О’Миры по просьбе кардинала Феша и матери Бонапарта. Он оставался личным врачом Наполеона вплоть до его смерти в 1821 году.
Вскоре после смерти Наполеона Антоммарки отплыл в Англию, а оттуда вернулся в Италию, затем отправился во Францию и поселился в Париже, где в 1823 году издал в двух частях записки под названием «Последние минуты Наполеона» («Les derniers moments de Napoléon»). Во время Польского восстания 1830 года Антоммарки в качестве врача отправился в Варшаву. Оттуда он вернулся в Париж, в конце 1831 года переселился в Италию, а в 1836 году переехал в Новый Свет (где жил в Новом Орлеане), затем — на Карибы[2].
Франсуа Карло Антоммарки скоропостижно скончался 3 апреля 1838 года в городе Сантьяго-де-Куба.