«ФК Анси», образованный в 1927 году, провёл большую часть своей истории в региональном любительском футболе. Клуб стал профессиональным в 1942 году, но был вынужден вернуться к любительскому футболу год спустя. Когда в 1948 году была сформирована национальная любительская лига, «Анси» стал членом-основателем. После одиннадцати сезонов клуб стал чемпионом Франции среди любителей в сезоне 1959–60, и после короткого подъёма в начале 1970-х годов вернулся в безвестность, которая была характерна для их ранних дней.
В 1980-х годах снова произошёл резкий подъём, так как «Анси» выиграл три повышения за девять лет, чтобы достичь второго дивизиона Франции в кампании 1988–89. Клуб снова стал профессиональным после первого сезона в дивизионе и достиг пика в сезоне 1990–91. Лучший сезон пришёлся на 1990–91 годы, когда команда заняла девятое место в лиге и дошла до 1/16 финала Кубка Франции. Однако, вылетев в 1992–93 годах, «Анси» упал так же стремительно, как и появился — клуб был расформирован 16 октября 1993 года, и, таким образом, отказался от своего профессионального статуса вместе с местом в третьем дивизионе. В том же году был сформирован клуб под новым названием «Annecy Football Club» и занял место в лиге на пять уровней ниже, чем бывшая команда. Хотя новая команда дважды выигрывала повышение в течение пяти лет, затем «Анси» провёл девять лет на шестом уровне, прежде чем снова столкнулся с понижением в сезоне 2007–08.
В 2013 году клуб вернул себе историческое название «ФК Анси». В 2016 году клуб снова получил повышение до Чемпионата Франции среди любителей. В 2020 году, клуб вернулся в Национальный чемпионат (Насьональ), третий футбольный дивизион в системе футбольных лиг Франции. В 2022 году «Анси» добился повышения в Лигу 2.[1]
Клуб завоевал множество наград, все любительские. Самая заметная награда, полученная «Анси» - это французский любительский чемпионат, выигранный клубом в сезоне 1959–60.[2]
