С августа 1941 года вновь в армии. Участник Великой Отечественной войны с февраля 1942 года. Парторг роты 635-го стрелкового полка старший сержант М. А. Ананьев 18—20 сентября 1943 года в бою за населённый пункт КозелецЧерниговской области Украины заменил выбывшего из строя командира роты и умело управлял подразделением. Главный удар пехота врага, поддержанная четырьмя танками и двумя самоходными орудиями «Фердинанд», направила на участок 4-й роты, которой командовал старший сержант Ананьев. Батальон не только отбил атаку, но и первым ворвался в Козелец.
27 сентября1943 года М. А. Ананьев с группой бойцов в числе первых переправился на правый берег реки Днепр севернее Киева, пошёл в атаку и навязал противнику рукопашный бой. Враг не выдержал и начал отходить. Всю ночь продолжался неравный бой. Против смельчаков, которых вместе с парторгом оставалось немногим больше тридцати, гитлеровцы бросили целый батальон. Рота отразила несколько контратак, чем способствовала расширению захваченного плацдарма.
Герои Советского Союза: Краткий биографический словарь / Пред. ред. коллегии И. Н. Шкадов. — М.: Воениздат, 1987. — Т. 1 /Абаев — Любичев/. — 911 с. — 100 000 экз. — ISBN отс., Рег. № в РКП 87-95382.