Алатырский уезд создан в 1565 году. В XVI—XVII веках управлялся воеводами, получавшими распоряжения из Приказа Казанского дворца, а также непосредственно из Москвы. На территории, подконтрольной алатырским воеводам, и непосредственно в Алатырском уезде возникли такие города, как Саранск, Симбирск, Карсун и др.
Алатырское Присурье длительное время оставалось пограничной территорией, имевшей важное стратегическое значение для защиты восточных рубежей Российского государства и освоения новых земель, начавшееся после взятия Иваном Грозным Казани в 1552 году.
В административном отношении территория Алатырского уезда в первой половине XVII века включала в себя пять станов: Верхосурский, Низсурский, Верхалатырский, Пьянский, Верхомейский, которые делились на беляки: Идебердеевский, Лунгинский, Кашмурский, Кельдешевский, Козевельский, Корзяцкий, Порасенский, Тургаковский, Сулеменский[нет в источнике], и охватывали большую часть будущих территорий Котяковского, Карсунского, Курмышского, Лукояновского, Сергачского, а также полностью Ардатовского, и собственно Алатырского уездов[4].
В 1640 году из южной части территории уезда был создан Атемарский уезд.
В 1651 году из части территории уезда был создан Саранский уезд.
Территория уезда страдала не только от нападения кочевников, но и от многочисленных бандитских шаек и постоянно вспыхивающих крестьянских восстаний. В 1670 году во время восстания Степана Разина один из отрядов его войска под предводительством казака Максима Осипова вступил в Алатырский уезд и 16 сентября захватил Алатырь, после чего двинулся дальше вдоль Суры к Волге. Успокоить и усмирить край царским воеводам удалось лишь к январю следующего 1671 года.
С расширением территории Российского государства военное значение Алатырского уезда стало падать и на первое место вышли вопросы хозяйственного освоения его земель.
В результате реформы 1719 года была создана Алатырская провинция, вошедшая в состав Нижегородской губернии. Кроме Алатыря, как главного города, к провинции были приписаны также города Курмыш и Ядрин с их уездами. В 1779 году Алатырская провинция вошла в состав Казанской губернии. Территория провинции простиралась от реки Инзы на юге до города Курмыш на севере.
27 мая 1920 года к Алатырскому уезду была присоединена Помаевская волость Буинского уезда.
4 мая 1922 года к Алатырскому уезду были присоединены Анастасовская волость Курмышского уезда, а из Мурзицкой волости Курмышского уезда в Порецкую волость Алатырского уезда были переданы селения Бардино, Камасаево, Колычевка, Козловка, Мочкасы, Ряпино, Тареевка, Тихомирово и Шатино.
4 апреля 1924 года были упразднены Анастасовская (территория передана в Порецкую волость), Барышско-Слободская (территория передана в Промзинскую волость), Гулюшевская (территория передана в Промзинскую волость), Дубенско-Поводимовская (территория передана в Чиберчинскую волость), Кладбищенская (территория передана в Кувакинскую волость), Мишуковская (территория передана в Кувакинскую волость), Паранеевская (селения Дубровка, Капасово, Пашино, Паранеи, Троицкие Выселки и Сабанчеево были переданы в Атяшевскую волость Ардатовского уезда, а Дюрки и Мандаши — в Ждамировскую волость), Помаевская (территория передана в Астрадамовскую волость), Семёновская (территория передана в Порецкую волость), Сиявская (территория передана в Порецкую волость) и Сыресевская (территория передана в Кувакинскую волость) волости. При этом из Карсунского уезда в Алатырский была передана Енгалычевская волость (при этом она была упразднена и её территория передана в Чиберчинскую волость), из Симбирского уезда в Алатырский были переданы Архангельская и Чуфаровская волости (при этом они были упразднены и их территория передана в Астрадамовскую волость), из Белоключевской волости Карсунского уезда в Промзинскую волость были переданы селения Белый Ключ, Болтаевка, Лава и Степановка, из Белоключевской волости Карсунского уезда в Астрадамовскую волость было передано селение Малый Барышок, из Усть-Уренской волости Карсунского уезда в Астрадамовскую волость были переданы селения Александровка, Кивать, Красная Якла и Никитино, из Языково-Теньковской волости Симбирского уезда в Астрадамовскую волости были переданы селения Городец, Дьячий хутор, Кезьмино, Ружеевщина и Таузаковка, из Верхнетимерсянской волости Симбирского уезда в Астрадамовскую волость было передано селение Чирикеево, а из Жаренской волости Ардатовского уезда в Ждамировскую волость были переданы селения Андреевка и Кильвядня.
20 июля 1925 года уезд вошёл в состав Чувашской АССР в составе города Алатырь, Алатырской, Порецкой и Кувакинской волостей. При этом Астрадамовская волость была передана в Ульяновский уезд, а Ждамировская, Промзинская и Чиберчинская волости — в Ардатовский уезд.
В 1614 году уезд делился на беляки[7] и пять станов: Верхосурский Низсурский, Верхалатырский, Пьянский, Верхомейский, в который входило 174 населённых пункта[8].
В 1890 году в состав уезда входило 18 волостей[9]:
↑БЕЛЯК — территориально-родовая единица на землях, завоёванных Московским государством в 1552, после падения Казанского ханства. Б. существовал в российской административной номенклатуре в 16 — 1-й пол. 17 в.
Чувашия в составе Российской империи