В 1983 году авиакомпания All Nippon Airways провела исследование и обосновала необходимость создания авиакомпании в Тонге[3].
Спустя два года, в 1985 году авиакомпания была создана правительством Тонги под именем Friendly Island Airways. Она осуществляла регулярные пассажирские перевозки внутри страны[4].
В апреле 2004 Royal Tongan Airlines вернула взятый в 2002 году в лизинг Boeing 757-200 (V8-RBB) авиакомпании Royal Brunei Airlines и прекратила международные рейсы[9].
18 мая 2004 года авиакомпания прекратила свою деятельность, так как не могла оплачивать запчасти для оставшихся самолётов Short 360 и DHC-6 Twin Otter. Страна осталась без регулярных внутренних рейсов. Рассматривался вариант обслуживания внутренних рейсов новозеландскими и австралийскими авиалиниями[10], однако в июне 2004 на смену Royal Tongan Airlines в стране появились две новые авиакомпании — Air Waves of Vava’u и Fly Niu Airlines[11].