Начиная с января 2006 года, автомобили Proton Waja были в значительной степени обновлены. Теперь на автомобили ставили бензиновые двигатели внутреннего сгорания CamPro S4PH. Из внутренних отличий, были переработаны кожаные сиденья, салон окрашивался в бежевый или коричневый цвет, полностью были переработаны вентиляционные отверстия, добавился CD-плеер double-DIN mp3. Более дешёвые модели оснащались бензиновым двигателем внутреннего сгорания Mitsubishi 4G18[13][14]. В июне 2006 года автомобиль прошёл фейслифтинг — получил новую радиаторную решётку, фары, задние фонари, колёсные диски, надпись Waja сзади была размещена над местом государственного номера[15]. В августе 2006 года был выпущен спортивный автомобиль Proton Waja MME Edition (Merdeka Millenium Endurance)[16][17]. Второй феслифтинг автомобиль Proton Waja прошёл в 2007 году. С 2008 года и до снятия с производства автомобиль оснащался бензиновым двигателем внутреннего сгорания CamPro CPS[18][19].