13-я церемония MTV Europe Music Awards 2006 прошла 2 ноября 2006 года в зале Rådhuspladsen в Копенгагене, Дания. Вел церемонию Джастин Тимберлейк.

• Джастин Тимберлейк (исполнитель и ведущий)
• Нелли Фуртадо
• Muse
• The Killers
• Keane
• Diddy и Кэсси
• Rihanna
• Snoop Dogg
• Outlandish
• Jet
• Lordi

• Moby
• Sugababes
• Robbie Williams
• Lordi
• Дэниел Крейг
• Mads Mikkelsen
• Cassie
• Johnny Knoxville и Jeff Tremaine
• Borat
• Adrien Brody
• Timbaland
• Tiziano Ferro
• Kelis
• Канье Уэст
• China Moses (дочь Dee Dee Bridgewater)

Победитель в каждой категории обозначен жирным шрифтом.

• The Black Eyed Peas
• Red Hot Chili Peppers
• The Pussycat Dolls
• Keane
• Depeche Mode

• «Hips Don't Lie», Shakira feat. Wyclef Jean
• «SOS», Rihanna
• «Crazy», Gnarls Barkley
• «Maneater», Нелли Фуртадо
• «Dani California», Red Hot Chili Peppers

• Madonna
• Shakira
• Beyoncé
• Christina Aguilera
• Нелли Фуртадо

• Beyoncé
• Mary J. Blige
• OutKast
• Rihanna
• Pharrell

• Confessions on a Dance Floor, Madonna
• Stadium Arcadium, Red Hot Chili Peppers
• Back to Basics, Christina Aguilera
• Loose, Нелли Фуртадо
• Black Holes and Revelations, Muse

• System of a Down
• Arctic Monkeys
• Muse
• The Raconteurs
• Korn

• Red Hot Chili Peppers
• Evanescence
• The Killers
• Keane
• The Strokes

• Madonna
• Christina Aguilera
• Shakira
• Robbie Williams
• Джастин Тимберлейк

• «A Million Ways», OK Go
• «Crazy», Gnarls Barkley
• «We Are Your Friends», Justice vs Simian
• «Stupid Girls», Pink
• «Touch the Sky», Канье Уэст

• Джастин Тимберлейк
• Канье Уэст
• Pharrell
• Robbie Williams
• Sean Paul

Нет победителей.

Победитель определялся звездами, а не зрителями.

• Gnarls Barkley

Другие номинанты:

• Panic! At The Disco
• Ne-Yo
• Fall Out Boy
• Lily Allen
• We Are Scientists
• Arctic Monkeys
• Lordi