LINEs

LINEs (англ. Long interspersed nuclear element, Длинные Диспергированные Повторы[1]) — длинные (несколько тысяч пар оснований[2]) последовательности ДНК в геноме эукариот, представляющие собой ретротранспозоны, не содержащие длинных концевых повторов.

Первое описание LINE-последовательности, длиной около 6 400 пар оснований, было опубликовано в 1980 году.[3]

Строение

На 3'-конце LINEs содержат либо поли(A)-хвост, либо аденин богатую последовательность, либо тандемно-повторяющиеся последовательности. LINEs содержат одну или две открытые рамки считывания[4].

Выделяют 5 суперсемейств LINEs[4]:

  • R2. Содержат одну открытую рамку считывания, которая кодирует обратную транскриптазу и эндонуклеазу. Считается, что это наиболее древнее семейство ретропозонов не содержащих длинных концевых повторов.
  • RTE. Также содержат одну открытую рамку считывания, кодирующую апуриновую-апуримидиновую эндонуклеазу и обратную транскриптазу.

Три других суперсемейства содержат две открытые рамки считывания. Продукт первой (ORF1) из которых, кодирует белок по свойствам похожий на продукт гена gag ретровирусов.

  • Jockey. Вторая открытая рамка считывания (ORF2) кодирует апуриновую-апуримидиновую эндонуклеазу и обратную транскриптазу.
  • L1. ORF2 кодирует те же элементы, что и у суперсемейства Jockey. LINEs этого суперсемейства являются наиболее изученными и наиболее распространенными в геноме млекопитающих. Так в геноме человека содержится более 500 тыс. копий ретропозонов LINE-1, что составляет около 17 % генома.
  • I. ORF2 кроме апуриновой-апуримидиновой эндонуклеазы и обратной транскриптазы кодирует также и РНКазу H.

См. также

Примечания

  1. ↑ Singer M. F. SINEs and LINEs: highly repeated short and long interspersed sequences in mammalian genomes. (англ.) // Cell. — 1982. — Vol. 28, no. 3. — P. 433—434. — PMID 6280868. [исправить]
  2. ↑ Антонио Лима-де-Фариа. Похвала «глупости» хромосомы: исповедь непокорной молекулы. — Москва: Бином. Лаборатория знаний, 2012. — С. 275. — 312 с. — ISBN 978-5-9963-0974-0.
  3. ↑ Adams, J. W., Kaufman, R. E., Kretschmer, P. J., Harrison, M., Nienhuis, A. W. A family of long reiterated DNA sequences, one copy of which is next to the human beta globin gene // Nucleic Acids Research : журнал. — 1980. — Т. 8, № 24. — С. 6113. — doi:10.1093/nar/8.24.6113.
  4. ↑ 1 2 López-Flores I., Garrido-Ramos M. A. The repetitive DNA content of eukaryotic genomes // Garrido-Ramos M.A. Genome Dynamics. — 2012. — Т. 7. — С. 1-28. — ISBN 978-3-318-02149-3. — doi:10.1159/isbn.978-3-318-02150-9.