Во время Гражданской войны в России переведена на Балтийское море для действий против РККФ в составе эскадры союзников; вошла в состав отряда подводных лодок. Основными задачами отряда являлись наблюдение за силами Красного Флота и атака при их попытке выйти за пределы района Кронштадта. Базируясь в Ревеле, L55 совершала боевые походы в южную часть Финского залива.
В один из разведывательных выходов 4 июня1919 года лодка обнаружила эсминцы «Азард» и «Гавриил» и атаковала их двумя торпедами. Удачно сманеврировав, эсминцы уклонились от торпед, а лодка после залпа не удержалась на глубине и над водой показалась часть её рубки, которая была немедленно обстреляна с «Азарда». Над подводной лодкой поднялся большой столб огня и дыма, были видны летящие в воздух обломки[1]. Считалось, что L55 погибла от попадания с «Азарда», но после подъёма обнаружился факт подрыва лодки на минном заграждении. Командование британской группировки на Балтийском море в течение нескольких дней пыталось связаться с субмариной и отозвать ту из опасного района, поскольку обнаружило, что её позиция оказалась «нарезана» посреди английского минного поля[2].
Современная версия произошедшего гласит, что во время уклонения от атаки «Азарда» L55 была снесена течением и попала на немецкое минное заграждение. Весь экипаж погиб. О гибели своей лодки вскоре официально сообщило Британское Адмиралтейство.
Осенью 1926 года во время траления в Копорской губе один из советских тральщиков случайно зацепил и поднял на борт прицельное устройство от 4-дюймовой пушки, принадлежавшее, как было установлено, подводной лодке L55. В течение последующих двух лет подводная лодка была обследована и 27 апреля1928 года было принято решение о её подъёме. Разработчиком технического проекта судоподъёмных работ и руководителем работ по подготовке и подъёму лодки был главный корабельный инженер Южного округа ЭПРОНа Т. И. Бобрицкий[3].
Операция по подъёму лодки длилась с 10 июня по 14 августа1928 года и закончилась полным успехом (С 15 мая по 13 сентября 1928 года спасательное судно-катамаран «Коммуна» выполняет работы по подъёму потопленной 4 июня 1919 года в Копорской губе Финского залива английской подводной лодки L-55. Лодка была поднята на поверхность с глубины 32 метра ступенчатым методом 21 июля 1928 года). L55 была отбуксирована в Кронштадт и поставлена там в док. В лодке были обнаружены тела 38 (по другим данным — 34) английских подводников.
30 августа 1928 года 38 гробов с телами подводников и три корзины с личными вещами были отправлены в Великобританию на норвежском транспортном судне «Труро». При подписании акта передачи присутствовали консулы Японии и Норвегии[4].
К 27 июля1931 года лодка была полностью восстановлена и после ввода в строй Балтийского флота переименована в Л-55 для упрощения делопроизводства.
В 1934 году на лодке были заменены дизельные двигатели.
10 января 1940 годаЛ-55 переформирована в опытовое судно[7] и в том же году выведена из боевого состава флота. 6 октября 1941 года включена в состав Отдельного учебного дивизиона подводных лодок, 10 декабря законсервирована в связи с нехваткой топлива[7].
14 февраля 1942 года на стоянке в Ленинграде повреждена осколками снаряда, разорвавшегося на палубе плавучей батареи «Исеть». Получила 12 осколочных пробоин в надстройке, ограждении рубки, пробоину в обшивке булевой цистерны, перебита кормовая антенна. Погиб 1 краснофлотец. 8 августа законсервирована и включенав состав отряда судов тыла Балтийского флота, сданных на хранение[7].
7 мая 1943 года расконсервирована и переформирована плавучую зарядную станцию[7].
С 1 по 4 декабря 1944 года перешла из Кронштадта на Ханко, где до конца войны обеспечивала базирование подводных лодок Балтийского флота[7].
В 1950 году плавучая зарядная станция была исключена из списков флота, а в 1960 году разобрана.
Морозов, М. Э. Советские подводные лодки во Второй мировой войне. Летопись боевых походов. Энциклопедия. — М.: Книжный мир, 2021. — С. 244—246. — 736 с. — 1000 экз. — ISBN 978-5-6047066-7-1.
Пухов, А. Балтийский флот в обороне Петрограда. 1919 год. — М-Л: Военмориздат НКВМФ СССР, 1939. — 140 с.
Балабин, В.В. Английская субмарина под флагом СССР // Вопросы истории, естествознания и техники. — М., 1998. — № 3. — С. 29—38.
Игнатьев Э. П. L-55 меняет флаг. // Гангут. — 1992. — Вып. 3. — С. 91—100.