Cirrus Airlines была основана в феврале 1995 года как Cirrus Luftfahrtgesellschaft mbH и выполняла только чартерные перевозки. В марте 1998 года Cirrus Airlines получила лицензию на выполнение регулярных перевозок между Саарбрюккеном и Гамбургом. В августе 1999 года Cirrus забрала у другой немецкой авиакомпании Cosmos Air рейсы между аэропортами Мангейма и берлинским аэропортомТемпельхоф.
В феврале 2000 года были установлены партнёрские отношения с национальным авиаперевозчиком Lufthansa и компания стала членом франшизной группы Team Lufthansa. Далее последовал взрывной рост числа пунктов назначения авиакомпании.
Cirrus Airlines была членом компании группы Aviation Investment GmbH, включающей в себя Cirrus Maintenance, Cirrus Flight Training и nana tours. Группа эксплуатировала 22 самолёта и имела персонал более 500 человек (на январь 2010 года).
