Share to: share facebook share twitter share wa share telegram print page

AlphaFold

AlphaFold
Скриншот программы AlphaFold
Тип модель ИИ[вд] и ИИ
Разработчик Google DeepMind
Написана на Python
Первый выпуск 2018
Последняя версия 3 (8 мая 2024[1])
Репозиторий github.com/google-deepmi…
Лицензия Apache License 2.0
Сайт alphafold.com
Логотип Викисклада Медиафайлы на Викискладе

AlphaFold — программа на базе искусственного интеллекта (AI), разработанная Google DeepMind, которая выполняет предсказания пространственной структуры белка[2]. Программа разработана как система глубокого обучения[3].

AlphaFold имеет две основные версии. Команда исследователей, использовавшая AlphaFold 1, заняла первое место в общем рейтинге 13-й СASP в декабре 2018 года. Программа оказалась особенно успешной в предсказании точных структур белков в категории, которую организаторы конкурса оценивали как самую сложную — когда для белков с частично похожей последовательностью не было доступно существующих шаблонных структур[4].

Команда разработчиков AlphaFold 2 участвовала в следующем конкурсе CASP в ноябре 2020 года[5]. Команда достигла гораздо большей точности, чем любая другая группа. Модель набрала более 90 баллов примерно для двух третей белков в тесте GDT, который измеряет степень, с которой структура, предсказанная вычислительной программой, подобна структуре, определённой лабораторным экспериментом (число 100 соответствует полному совпадению)[6][7].

Результаты AlphaFold 2 в CASP были охарактеризованы как «поразительные»[8]. В то же время некоторые исследователи отметили, что точность недостаточно высока для оставшейся трети прогнозов и что не раскрывается механизм и правила сворачивания белка, чтобы проблема сворачивания белка считалась решённой[9].

15 июля 2021 года статья об AlphaFold2 была размещена в Nature в качестве публикации для предварительного доступа вместе с программным обеспечением с открытым исходным кодом и доступной для поиска базой данных с различными видами белков[10][11][12][13].

8 мая 2024 года в Nature была размещена статья о новой версии программы — AlphaFold 3[14][15].

Примечания

  1. Metz, Cade (2024-05-08). "Google Unveils A.I. for Predicting Behavior of Human Molecules". The New York Times (англ.). ISSN 0362-4331. Дата обращения: 9 мая 2024.
  2. AlphaFold | DeepMind. Дата обращения: 28 августа 2021. Архивировано 19 января 2021 года.
  3. Архивированная копия. Дата обращения: 28 августа 2021. Архивировано 28 августа 2021 года.
  4. AlphaFold2: глубокий разум и его правильное применение / Блог компании BIOCAD / Хабр. Дата обращения: 28 августа 2021. Архивировано 28 августа 2021 года.
  5. Архивированная копия. Дата обращения: 28 августа 2021. Архивировано 28 января 2021 года.
  6. ‘The game has changed.’ AI triumphs at solving protein structures | Science | AAAS. Дата обращения: 28 августа 2021. Архивировано 22 июля 2021 года.
  7. Алгоритм AlphaFold от DeepMind решил 50-летнюю задачу фолдинга белка / Хабр. Дата обращения: 28 августа 2021. Архивировано 28 августа 2021 года.
  8. ‘It will change everything’: DeepMind’s AI makes gigantic leap in solving protein structures. Дата обращения: 28 августа 2021. Архивировано 28 августа 2021 года.
  9. Balls, Phillip Behind the screens of AlphaFold. Chemistry World (9 декабря 2020). Дата обращения: 28 августа 2021. Архивировано 15 августа 2021 года.
  10. DeepMind опубликовала исходный код нейросети для предсказания структуры белка — Наука на TJ. Дата обращения: 28 августа 2021. Архивировано 28 августа 2021 года.
  11. Jumper, John; Evans, Richard; Pritzel, Alexander; Green, Tim; Figurnov, Michael; Ronneberger, Olaf; Tunyasuvunakool, Kathryn; Bates, Russ; Žídek, Augustin; Potapenko, Anna; Bridgland, Alex; Meyer, Clemens; Kohl, Simon A A; Ballard, Andrew J; Cowie, Andrew; Romera-Paredes, Bernardino; Nikolov, Stanislav; Jain, Rishub; Adler, Jonas; Back, Trevor; Petersen, Stig; Reiman, David; Clancy, Ellen; Zielinski, Michal; Steinegger, Martin; Pacholska, Michalina; Berghammer, Tamas; Bodenstein, Sebastian; Silver, David; Vinyals, Oriol; Senior, Andrew W; Kavukcuoglu, Koray; Kohli, Pushmeet; Hassabis, Demis (2021-07-15). "Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold". Nature (англ.). doi:10.1038/s41586-021-03819-2. Архивировано 27 августа 2021. Дата обращения: 28 августа 2021.
  12. GitHub - deepmind/alphafold: Open source code for AlphaFold. (англ.). GitHub. Дата обращения: 24 июля 2021. Архивировано 23 июля 2021 года.
  13. AlphaFold Protein Structure Database. alphafold.ebi.ac.uk. Дата обращения: 24 июля 2021. Архивировано 24 июля 2021 года.
  14. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3 | Nature
  15. Google DeepMind and Isomorphic Labs introduce AlphaFold 3 AI model

См. также

This information is adapted from Wikipedia which is publicly available.

Read other articles:

MuntokKecamatanKong Fuk Miau dan Masjid Jami di pusat kota MuntokMuntokPeta lokasi Kecamatan MuntokTampilkan peta Bangka BelitungMuntokMuntok (Sumatra)Tampilkan peta SumatraKoordinat: 2°03′53″S 105°09′53″E / 2.064794°S 105.164653°E / -2.064794; 105.164653Koordinat: 2°03′53″S 105°09′53″E / 2.064794°S 105.164653°E / -2.064794; 105.164653Negara IndonesiaProvinsiKepulauan Bangka BelitungKabupatenBangka BaratPemerintahan…

The harbour of Willemstad, capital of Curaçao. This article presents a list of populated places in Curaçao. Curaçao is a Lesser Antilles island country in the southern Caribbean Sea and the Dutch Caribbean region, about 65 km (40 mi) north of the Venezuelan coast. It is a constituent country (Dutch: land) of the Kingdom of the Netherlands. The island is divided in three districts. The current division dates from 1930.[1] Bandabou - North-west Barber Lagún Sint Willibrordus …

L'Hôtel de la plageSutradara Michel Lang Produser Marc Goldstaub Alain Poiré Robert Sussfeld Ditulis oleh Michel Lang PemeranSophie Barjac Myriam Boyer Daniel Ceccaldi Michèle Grellier Bruno Guillain Guy Marchand Anne Parillaud Michel Robin Martine SarceyPenata musikMort ShumanSinematograferDaniel GaudryPenyuntingHélène PlemiannikovTanggal rilis11 Januari 1978Durasi110 menitNegara PrancisBahasa Prancis Holiday Hotel (judul Prancis: L'Hôtel de la plage) adalah film komedi Prancis…

American politician Roderick McGillMember of the Mississippi House of Representativesfrom the Benton County districtIn officeJanuary 1916 - January 1920Preceded byW. E. HoustonSucceeded byW. E. Houston Personal detailsBorn(1888-07-15)July 15, 1888Falkner, MississippiDiedJuly 1968(1968-07-00) (aged 79–80)Political partyDemocrat Roderick Benton McGill (July 15, 1888 – July 1968) was a Democratic member of the Mississippi House of Representatives, representing Benton County, fr…

Trust in MeBài hát của Katy Hudson từ album Katy HudsonPhát hành6 tháng 2 năm 2001 (2001-02-06)Định dạngĐĩa đơn CDThể loạiPop rock, Christian rock, CCMThời lượng4:46Hãng đĩaRed Hill RecordsSáng tácKaty Hudson, Mark DicksonSản xuấtOtto Price Trust in Me là một bài hát được thu âm bởi nữ ca sĩ kiêm sáng tác nhạc người Mỹ Katy Hudson (sau này là Katy Perry) nằm trong album đầu tay nhạc Phúc âm của cô, Katy Hudson (2001…

Ilustrasi pertunjukan wayang kulit Bali. Wayang kulit Bali merujuk pada seni pertunjukan wayang kulit yang berkembang di Bali. Pertunjukan wayang kulit Bali memiliki dua jenis tema cerita yaitu tema spiritual, dan tema hiburan.[1] Wayang kulit dengan tema pertunjukan spiritual sangat disakralkan oleh umat Hindu di Bali. Pada upacara keagamaan tertentu, pertunjukan wayang dapat ditemukan sebagai bagian utama atau pelengkap daripada upacara tersebut.[1][2] Sementara pertunj…

1923 silent film The French DollDirected byRobert Z. LeonardWritten byFrances MarionProduced byRobert Z. LeonardStarringMae Murray Orville Caldwell Rod La RocqueCinematographyOliver T. MarshProductioncompanyTiffany PicturesDistributed byMetro PicturesRelease dateSeptember 3, 1923Running time70 minutesCountryUnited StatesLanguagesSilent English intertitles The French Doll is a 1923 American silent comedy drama film directed by Robert Z. Leonard and starring Mae Murray, Orville Caldwell and Rod La…

Đối với các định nghĩa khác, xem Lộc Đỉnh ký (định hướng). Lộc Đỉnh kí Poster phim Lộc Đỉnh kíĐạo diễnTrần Lệ HoaSản xuấtLý Thiêm ThắngTác giảKim Dung, Lý Thiêm ThắngDiễn viênchi tiếtÂm nhạcHoàng TiêmCông chiếu1987Độ dài40 tậpNgôn ngữtiếng Hoa Lộc Đỉnh ký (Chữ Hán: 鹿鼎记; tiếng Anh: The Duke of Mount Deer) là một bộ phim truyền hình võ hiệp dài 40 tập, do TVB Hồng Kông sản xuất …

Maharashtra PoliceLogo dari Departemen Kepolisian MaharashtraSingkatanम.पो.[1]Mottoसद्रक्षणाय खलनिग्रहणाय (Sanskrit)Untuk melindungi yang Baik dan untuk menghancurkan yang JahatIkhtisarPersonelSuperintendent Polisi dan Diatasnya: 277Deputi Superintenden: 652Insepktur Polisi: 3530Asisten Inspektur Polisi: 4530Sub Inspektur: 7601 [2]Struktur yurisdiksiWilayah hukumMaharashtra, INMap of Maharashtra Police Department's jurisdictionLuas …

American academic (1901–1988) For the American automotive manufacturer, see Frederick Patterson. Frederick D. PattersonPatterson in 1964Born(1901-10-10)October 10, 1901Washington D.C.DiedApril 26, 1988(1988-04-26) (aged 86)President of Tuskegee UniversityIn office1935–1953Preceded byRobert R. Moton[1]Succeeded byLuther H. Foster[1] Frederick Douglass Patterson (October 10, 1901 – April 26, 1988) was an American academic administrator, the president of what is now T…

У этого термина существуют и другие значения, см. Скороход. ХуторСкороход 47°31′09″ с. ш. 38°42′26″ в. д.HGЯO Страна  Россия Субъект Федерации Ростовская область Муниципальный район Матвеево-Курганский Сельское поселение Малокирсановское История и география Часов…

Silesian duchy (1248–1675) Duchy of LegnicaKsięstwo Legnickie (Polish)Herzogtum Liegnitz (German)Lehnické knížectví (Czech)1248–1675 Coat of arms Greatest extent of territory of the Duchy during the reign of Henry V (orange)StatusSilesian duchyFiefdom of the Bohemian Crown (from 1348)CapitalLegnicaHistorical eraMiddle AgesEarly modern period• Battle of Legnica 1241• Partitioned from Lower Silesia 1248• Split off Duchy of Głogów 1251• Vassaliz…

Село Альбінувпол. Albinów Координати 52°36′17″ пн. ш. 22°08′36″ сх. д. / 52.60472222224977656° пн. ш. 22.14333333336077914° сх. д. / 52.60472222224977656; 22.14333333336077914Координати: 52°36′17″ пн. ш. 22°08′36″ сх. д. / 52.60472222224977656° пн. ш. 22.14333333336077914° сх. д. / 52.60…

The Dean of King's College London is responsible for overseeing the spiritual development and welfare of all students and staff of the University. The Dean's Office is the first point of contact for any queries about religious provision at King's. King's College is unusual among British universities in having an office of Dean. This is held by a priest of the Church of England, responsible for overseeing the spiritual development and welfare of all students and staff, as well as fostering vocati…

This article lacks inline citations besides NRIS, a database which provides minimal and sometimes ambiguous information. Please help ensure the accuracy of the information in this article by providing inline citations to additional reliable sources. (December 2013) (Learn how and when to remove this template message) United States historic placeCommunity Center and War Memorial BuildingU.S. National Register of Historic Places Location1611 Everett Ave., Everett, WashingtonCoordinates47°58′56…

Pikiran RakyatDari Rakyat - Oleh Rakyat - Untuk RakyatTipeSurat kabar harianFormatLembar lebarPemilikGrup Pikiran RakyatPenerbitPikiran Rakyat BandungDidirikan24 Maret 1966; 57 tahun lalu (1966-03-24)BahasaIndonesiaPusatBandung, IndonesiaSitus webwww.pikiran-rakyat.comArsip daring gratisePaper Pikiran Rakyat Pikiran Rakyat adalah surat kabar harian yang terbit di Bandung, Indonesia. Peredarannya meliputi Jawa Barat dan Banten. Sejarah Pada Bulan Januari 1966, di Kota Bandung terdapat sejuml…

Shipwreck and subsequent events in Aceh in 1883 Crew members of the Nisero who were shipwrecked off the coast of Aceh in 1883 and held captive by a local chief for ten months. The Nisero Incident arose when a British cargo ship, the Nisero, bound for Europe from Surabaya, Java, carrying a cargo of sugar, ran aground off the west coast of Aceh, Sumatra, on 8 November 1883. Seeing that the ship could not be saved, the 28 crew members rowed ashore and were met by a local chief, the Raja of Tenom, a…

This article needs additional citations for verification. Please help improve this article by adding citations to reliable sources. Unsourced material may be challenged and removed.Find sources: The Untouchable novel – news · newspapers · books · scholar · JSTOR (December 2009) (Learn how and when to remove this template message) For other books, see Untouchable (disambiguation) § Books.1997 novel by John Banville First edition cover The Untouc…

Metro station in Delhi, India Shalimar Bagh Delhi Metro stationGeneral informationLocationWazirpur Industrial Area, Wazirpur Opposite Shalimar Bagh, Delhi, 110052Coordinates28°42′6.548″N 77°9′54.688″E / 28.70181889°N 77.16519111°E / 28.70181889; 77.16519111Owned byDelhi MetroOperated byDelhi Metro Rail Corporation (DMRC)Line(s)Pink LinePlatformsIsland platformPlatform-1 → Shiv ViharPlatform-2 → Majlis ParkTracks2ConstructionStructure typeUnderground, Doubl…

2nd episode of Moon Knight Summon the SuitMoon Knight episodePromotional posterEpisode no.Episode 2Directed by Aaron Moorhead Justin Benson Written byMichael KasteleinProduced byJeremy SlaterCinematography byAndrew Droz PalermoEditing byJoan SobelOriginal release dateApril 6, 2022 (2022-04-06)Running time53 minutesCast Shaun Scott as Crawley Alexander Cobb as J.B. Darwin Shaw as Dornfeld Episode chronology ← PreviousThe Goldfish Problem Next →The Friendly Type List o…

Kembali kehalaman sebelumnya

Lokasi Pengunjung: 18.118.189.238