В послереволюционный период, 1917—1929 годов, он заведовал Рязанским архивом и одновременно был директором Рязанского краеведческого музея. Фактически Яхонтов был создателем и архива, и музея; в эти годы был собран максимум архивных дел и музейных экспонатов, написано множество статей по местной истории. Формирование научного краеведения продолжалось до тех пор, пока на представителей старой интеллигенции, краеведов, педагогов, музейных работников не начались гонения: в ночь на 13 декабря 1929 года С. Д. Яхонтов был доставлен в рязанскую тюрьму. Через четыре месяца его освободили под «домашнее наблюдение» ОГПУ, запретив в течение шести лет работать в органах Центрального архива. Отлучённый от научной работы, Яхонтов успел написать объёмные и чрезвычайно интересные мемуары[4]: 15 толстых тетрадей, фактически — книг, которые, неопубликованные, доныне хранятся в его личном фонде в архиве.
Похоронен С. Д. Яхонтов на старом Скорбященском кладбище Рязани, там же, где жена и дети — один из его сыновей рано умер от детской болезни, другой погиб в Первую мировую войну.
В память Яхонтова с 2000 года в Рязани проводятся Яхонтовские чтения[5].
↑Одна из улиц Рязани — улица Яхонтова, названа не в честь Степана Дмитриевича Яхонтова, а в честь первого председателя Губисполкома — его однофамильца.
«Ожидается ужасная бойня. Еще не было ни одной такой войны» Из воспоминаний рязанского историка С. Д. Яхонтова (публикация Акульшина П. В., Гребенкина И. Н.) // «Исторический архив». — 2014. — № 3. — С. 61—82;
Рекомендуемая литература
Скрытый блок
Толстов В. А. Деятельность С. Д. Яхонтова по вовлечению учащихся в краеведческий поиск // Первые Яхонтовские чтения. Материалы научно — практической конференции, Рязань, 21 — 22 декабря 2000 г. / Отв. редактор Т. В. Ерошина. — Рязань: Издательство Рязанского историко-архитектурного музея-заповедника, 2001. — С. 80 — 86;
Толстов В. А. Кружок С. Д. Яхонтова по изучению церковных древностей Рязанской губернии // Вторые Яхонтовские чтения. Материалы научно — практической конференции, Рязань, 23 — 25 октября 2002 г. / Отв. редактор Т. В. Ерошина. — Рязань: Издательство Рязанского историко-архитектурного музея-заповедника, 2003. — С. 99 — 105;
Толстов В. А. Кружки А. И. Черепнина и С. Д. Яхонтова в составе Рязанской ученой архивной комиссии // История дореволюционной России : мысль, события, люди. Сборник научных трудов кафедры Древней и средневековой истории Отечества. Вып. 2. / Отв. редактор д.и.н., проф. Н. Н. Репин. — Рязань: Издательство Рязанского государственного педагогического университета, 2003. — С. 126—138;
Толстов В. А. С. Д. Яхонтов — историограф наследия В. О. Ключевского // Четвертые Яхонтовские чтения. Материалы научно-практической конференции. Рязань, 25 — 27 октября 2006 г. / Отв. редактор к.и.н. И. Г. Кусова. — Рязань: Издательство Рязанского историко-архитектурного музея-заповедника, 2008. — С. 125—148;
Толстов В. А. Степан Дмитриевич Яхонтов (1853—1942). К 160-летию историка, археографа, педагога // Календарь знаменательных и памятных дат Рязанской области на 2013 год / Отв. ред. к.п.н. Н. Н. Гришина. — Рязань: Сервис, 2012. — С. 152—164.