Дебют Эстенстада в сборной Норвегии состоялся в 1993 году в матче против Фарерских островов. В том матче он вышел на замену во втором тайме и забил два гола. В остальных 17 матчах он тоже чаще всего выходил на замену кому-либо. Удачные выступления за сборную позволили Эстенстаду попасть в заявку на ЧМ-98 во Франции. Всего Эгиль Эстенстад забил за Норвегию 6 мячей, и это позволило ему стать самым эффективным игроком в истории сборной Норвегии: в среднем Эстенстад забивал один гол за 94 минуты игры. В сентябре 2005 года, более чем через 6 лет после последнего вызова в сборную, он снова выступил за национальную команду в матче против Шотландии (норвежцы проиграли со счётом 1:2).