В 1844 году Эккер был назначен ординарным профессором анатомии и физиологии в Базельский университет, в 1850 году был приглашен профессором зоологии и сравнительной анатомии в альма-матер, а с 1857 года перешел на кафедру анатомии, где учредил антропологическую коллекцию при университете и этнографический музей[5][6].
Научная деятельность Александра Эккера весьма обширна: он исследовал анатомию и гистологию преимущественно нервной системы позвоночных, физиологические явления в головном и спинноммозге, электрические органы у рыб, черепа германских племен и многое другое. Некоторые из его трудов можно считать классическими, как, например, «Icones physiologicae» и описание анатомии лягушки, долгое время служившее руководством для введения в анатомию позвоночных для начинающих[5].
В 1845—1847 гг. Эккер составлял годовые отчеты по успехам в области сравнительной анатомии в журнале «Müller’s Archiv für Anatomie» (1852); кроме этого, он вместе с Линденшмитом с 1865 года выпускал периодическое печатное издание под заглавием «Archiv für Anthropologie»[5].
В 1876 году заслуги учёного были отмечены медалью Котениуса учреждаемой Германской академией естествоиспытателей «Леопольдина», членом которой он состоял, помимо этого Эккер был членом Баварской академии наук.
Иоганн Александр Эккер умер 20 мая 1887 года в родном городе.
Библиография
Избранные труды А. Эккера
«Physiologische Untersuchungen über d. Bewegungen des Gehirns u. Rückenmarks etc.» (Штутг., 1843);
«Einige Beobachtungen über d. Entwicklung der Nerven des elektrischen Organs von Torpedo Gralvanii» («Zeitschr. f. wiss. Zool.», 1848);
«Anatomische Beschreibung vom Gehirn des Karpfenartigen Nil-Hechts Mormyrus cyprinoides» (Лпц., 1854);
«Entwicklungsgeschichte d. grünen Armpolypen» (Фрейбург, 1853);
«Icones physiologicae, Erläuterungstafeln zur Physiologic und Entwicklungsgeschichte» (Лпц., 1851—59);
«Untersuchungen zur Ichthyologie etc.» (Фрейбург, 1857);
«Ueber die elektrischen Organe der Mormyri» («Ber. naturf. Ges. Freib.», 1858);
«Die Anatomie des Frosches, ein Handbuch für Physiologen, Aerzte und Studierende» (3 отд., там же, 1864—82; перевод на русский язык Ламанского, СПб., 1866).