Впервые разработал способ изготовления курая из строганого шпона. Занимался поисками уцелевших образцов и возрождением думбыры — струнного щипкового башкирского народного инструмента. В мае 1985 года изготовленные Вакилем Шугаюповым образцы думбыры (сопрано, альт, бас) были рекомендованы и внедрены в широкое производство.
В 1995 году представил публике свою реконструкцию кыл-кубыза — национального смычного инструмента.