В начале января 1817 года Шишков оставил военную службу и занялся сельским хозяйством, поселившись в деревне. Однако 1 января 1822 года он вновь поступил на службу по ведомству министерства народного просвещения — почётным смотрителем Данковского уездного училища; 26 июня 1847 года вышел в отставку с чином коллежского советника.
В 1829 году он ознакомился со статьей в земледельческом журнале, автором которой был И. А Мальцев, один из создателей свеклосахарного производства в России. Шишков в компании с несколькими помещиками открыл в селе Спешнево-Подлесное свеклосахарный завод. Об устройстве завода он доложил в Московском обществе сельского хозяйства, и 20 мая 1832 года был выбран в его действительные члены. В 1833 году он сделал в обществе доклад по поводу изобретения Давыдова — о производстве «сахара из свекловицы путём холодной вымочки» и был выбран в первом же, после открытия «Комитета сахароваров», заседании 12 января 1834 года в его председатели и оставаясь таковым почти вплоть до закрытия комитета в конце 1850-х годов, принимал в его жизни самое деятельное участие. Он напечатал в трудах комитета много статей по сахароварению; Шишковым читались доклады о состоянии свеклосахарной промышленности; он составлял задачи и программы по выяснению проблем этой отрасли сельского хозяйства. В 1837 году Шишковым по поручению комитета, был составлен полный обзор техники свеклосахарного производства, в 1841 году Шишковым был написан и издан труд «Опыт учета работ при свеклосахарном производстве».
Завод Шишкова очень скоро стал образцовым и стал практической школой сахароварения; помимо использования на заводе новейшей техники, Шишков внедрил на нём ряд своих изобретений, самое известное из которых — «способ горячей вымочки свекловицы», ставшее известным не только в России но из границей. Он также изобрёл ряд сельскохозяйственных орудий для других отраслей сельского хозяйства.
В 1847 году Шишков создал общество сельского хозяйства в городе Лебедянь и был его президентом вплоть до его закрытия в 1865 году.
Н. П. Шишков получал благодарности от правительства, медали, дипломы, а в 1858 году — бриллиантовый перстень от Александра II.
Умер в Москве 17 (29) марта 1869 года после продолжительной и тяжелой болезни; был похоронен в селе Спешнево-Подлесное.
↑Список кавалерам Императорских орденов всех наименований на лето от Рождества Христова 1827. Часть II. Список кавалерам Ордена Св. Владимира I, II, III и IV степени
↑Список кавалерам Императорских орденов всех наименований на лето от Рождества Христова 1827. Часть I.