1 апреля 1809 года Пётр Егорович Чистяков получил чин мичмана и на английском транспорте, через Ригу, вернулся в Россию[3].
С 1812 по 1814 год плавал на корабле «Смелый», совершил переход из Кронштадта к берегам Англии, участвовал в блокаде французского флота под Флессингеном и в десантной вылазке на голландский берег; затем патрулировал у берегов Франции и 23 июля 1814 года был произведён в лейтенанты[3].
С 1816 по 1818 год ходил на разных судах в русских и иностранных водах[3].
С 1819 по 1821 год на компанейском корабле «Бородино» под командой капитан-лейтенанта З. И. Панафидина совершил кругосветное плавание в Ново-Архангельск, после чего два года находился при Кронштадтском порту[3].
В 1824 и 1825 году, командуя компанейским судном «Елена», совершил вторично кругосветное плавание в Ново-Архангельск и за болезнью главного правителя российских колоний капитана второго ранга Муравьева исполнял его должность, а 21 декабря 1825 года был назначен на этот пост и 7 января следующего года произведен в капитан-лейтенанты, а 21-го декабря в капитаны 2-го ранга[3].
Чин капитана 1-го ранга Пётр Егорович Чистяков получил 1 января 1829 года и в том же году стал капитаном фрегата «Елисавета». Должность главного правителя он исполнял до 1831 года, когда вернулся в Россию, и в следующем году назначен был командиром корабля «Иезекииль», которым командовал 4 года вплоть до получения контр-адмиральского чина (8 июля 1836 года)[3].
Командуя затем 3 бригадой 3 флотской дивизии, крейсировал с отрядом по Балтийскому морю, держа свой флаг на корабле «Лефорт» (корабль затонул в 1857 году; эта катастрофа стала крупнейшей на Балтике по числу жертв в XIX веке[4])[3].
Будучи в 1839 году назначен командиром 5 флотской дивизии, плавал до 1844 года по Чёрному морю, имея свой флаг на корабле «Три Святителя» (судно было затоплено на Севастопольском рейде в 1854)[3]. 5 декабря 1841 года награжден орденом Св. Станислава I степени.
В 1844 году П. Е. Чистяков был назначен исправляющим должность военного губернатораАстрахани, управляющего гражданской частью[5]. Впоследствии был утверждён в этой должности и оставил её не раньше 1850 года[6], когда получил назначение быть членом Морского генерал-аудиториата. Во время службы военным губернатором являлся председателем Астраханского губернского попечительства приютов[6].
Пётр Егорович Чистяков умер 21 января 1862 года[3].
В честь П. Е. Чистякова назван остров (остров Чистякова, Бристольский залив, 56°55′ с.ш., 158°44′ з.д., название острову было присвоено И. Ф. Крузенштерном в честь П. Е. Чистякова как правителя РАК в 1825—1829 гг.)[9].
↑Высочайший приказ о чинах военных № 1321 от 10 ноября 1854 г.
↑Адмиралы // Флот // Адрес-календарь. Общая роспись всех чиновных особ в государстве, на 1860 — 1861 год. Часть I. Власти и места центрального управления и ведомства их. — СПб.: Типография Императорской Академии наук, 1860. — С. [б/н] (стб. 300).
↑Масленников Б. Г. Морская карта рассказывает / Под ред. Н. И. Смирнова. — 2-е изд., перераб. и доп. — М.: Воениздат, 1986. — С. 228 — 35 000 экз.
Веселаго Ф. Ф. Общий морской список от основания флота до 1917 г.. — СПб.: Типография Морского Министерства, 1894. — Т. VIII / Царствование императора Александра I. П — Ѳ. — С. 454—455. — 642 с. — (Военно-историческая библиотека).
«Записки Гидрографического департамента Морского Министерства», VIII. стр. 170 и 181.