Мартин Чех начал свою профессиональную карьеру в 1993-94 годах в чешском клубе Злин, выступавшем в экстралиге, хотя и сыграл всего одну игру в этом сезоне.
Продолжил свою карьеру на профессиональном уровне Чех в сезоне 1996-97 годах в клубе Пльзень 1929. Провел в клубе пять сезонов, после чего перешёл в финский ЮИП, а позже и в «Пеликанс».
В 2003 году он подписал контракт с магнитогорским Металлургом[5]. В сезоне 2005-06 годов дважды менял клуб — сначала на Сибирь, а потом на Салават Юлаев.