В 1918 году создал в своей школе организацию молодых коммунистов, а в конце года покинул школу и полностью перешёл на комсомольскую работу. В июне 1919 года был избран председателем Смоленского уездно-городского комитета РКСМ. В октябре вступил в РКП(б).
Был избран одним из делегатов 3-го съезда РКСМ, после которого вернулся в Смоленск на должность секретаря губернского комитета РКСМ. В сентябре 1921 года был переведён на должность заведующего отделом политпросветработы Екатеринбургского губернского комитета РКСМ. На 4-м съезде РКСМ был избран в члены ЦК и стал заведующим отделом политпросветработы ЦК. На 5-м съезде РКСМ выступил с докладом о работе комсомола в деревне. В октябре 1922 года был направлен в Закавказье на должность секретаря краевого комитета РКСМ.
В 1924 году на апрельском пленуме ЦК РКСМ был избран первым секретарем ЦК и работал им вплоть до мая 1928 года, когда был направлен на партийную работу. Вскоре после этого, с целью посмотреть мир, под чужим именем нанялся на торговое судно матросом и посетил Германию, Англию, Бельгию, Португалию и Турцию.
После возвращения начал учиться на курсах марксизма-ленинизма при ВКП(б), окончив которые, был назначен секретарём Закавказского краевого комитета ВКП(б). В 1931 году был переведён на должность начальника Управления общественного питания Центросоюза. С 1933 года — начальник политотдела Мурманской (с 1935 года — Кировской) железной дороги.
В 1936 году за работу на транспорте был награждён орденом Ленина.
В 1937 году назначен начальником Юго-Восточной железной дороги (Воронеж). 23 июня того же года арестован в Москве и этапирован в Ленинград. По окончании следствия внесён в расстрельный список 1-й категории от 12 сентября 1938 года («гор. Ленинград — Кировская ж. д.»), подписанный Сталиным, Молотовым и Ждановым)[2]. Выездной сессией Военной коллегии Верховного Суда СССР Ленинграда 22 сентября 1938 года Николай Чаплин был приговорён к высшей мере наказания. Расстрелян в ночь на 23 сентября 1938 года[3]. Место захоронения — спецобъект УНКВД ЛО «Левашово».
Реабилитирован посмертно Военной коллегией Верховного суда СССР 9 июля 1955 года, 9 августа посмертно восстановлен в партии Комитетом партийного контроля при ЦК КПСС.
Мильчаков А. Николай Чаплин / Вожаки комсомола. — 3-е изд., испр. — М.: Молодая гвардия, 1978. — (Жизнь замечательных людей. Сер. биогр. Вып. 2 (538)).