Иезуиты прибыли в Макао в 1558 году, сразу начав постройку культовых сооружений. Церковь Святого Антония впервые упоминается в 1565 году, что делает её одним из самых старых религиозных сооружений Макао. Кроме того, месторасположение церкви считается старейшим расположением иезуитов в Макао[1].
В 1638 году храм был перестроен в камне, здание достигло нынешнего размера и приобрело вид, схожий с современным. Церковь претерпела капитальный ремонт в 1810 и 1875 годах после пожаров в 1809 и 1874 годах. Кроме пожаров храм терпел ущерб и от тайфунов.
Сегодня церковь представляет собой двухэтажное здание с небольшой колокольней в стиле классицизма. Окна покрашены в зелёный цвет. Неф известен статуей Святого Антония с младенцемИисусом на рука].