История ЦИАМа начинается с Московского губернского архива старых дел, который был образован в конце XVIII века для хранения решённых дел московских учреждений и выдачи по ним справок. В начале своего существования архив занимал здание губернских присутственных мест возле Воскресенских ворот, с 1823 года его перевели в Никольскую башню Кремля, где он пребывал около столетия. К началу XX века объём губернского архива превысил 1800 тыс. дел. Документы были разбросаны по шести помещениям: кроме Никольской башни архив занимал Арсенальную, Владимирскую башни Кремля и несколько башен Китай-города — Круглую на Старой площади, Четырёхугольную против Воспитательного дома и Кладовую во дворе губернского правления. Документы губернского архива сильно пострадали в ноябре 1917 года при обстреле кремлёвских башен большевиками.
До 1930 года Исторический архив Московского губернского архивного бюро (такое название носили с 1925 года фонды бывшего губернского архива) оставался в кремлёвских и китайгородских башнях, впоследствии он был переведён в помещения закрытых церквей и монастырей. В 1937 году на базе Московского областного архивного управления (бывшего Московского губернского архивного бюро) были образованы три государственных архива, ему подчиненных, в том числе Московский областной исторический архив (МОИА), куда, в основном, и перешли документы по истории Москвы, собранные ещё до Революции. В мае 1941 года МОИА переименован в Государственный исторический архив Московской области (ГИАМО), в 1963 году преобразован в Центральный государственный архив города Москвы, на базе дореволюционных фондов которого в 1976 году был создан Центральный государственный исторический архив (ЦГИА) города Москвы. В том же году архив разместился в специально построенном для него здании на Профсоюзной улице. В мае 1993 года из названия архива было исключено обозначение «государственный» (новое название — Центральный исторический архив Москвы, ЦИАМ).[1]
Образован в 2008 году на базе прежних архивов кадровой документации административных округов и архива кадровой документации организаций потребительского рынка и услуг.
В ЦИАМе хранятся фонды административных, землеустроительных, продовольственных, торговых, промышленных, транспортных, учебных, медицинских, научных, благотворительных, финансовых, судебных, полицейских, сословных, земских, религиозных, кредитных, статистических учреждений, предприятий и организаций Москвы и Московской губерниидореволюционного времени[1]. В настоящее время в архиве — около двух с половиной миллионов дел, датируемых преимущественно XVIII — началом XX веков (отдельные документы XVI—XVII веков).
Фонды органов власти и управления Москвы и Московской губернии включают документы Управления московского генерал-губернатора, московского гражданского губернатора, Московского губернского правления, Московской судебной палаты, окружного суда, Московской управы благочиния, Московского губернского и уездных по крестьянским делам присутствий, Московской казённой палаты, межевых и землеустроительных комиссий, городской шестигласной думы, Московской городской управы, Городской думы, Канцелярии градоначальника, земских управ. Фонды сословных организаций представлены документами канцелярии Московского дворянского депутатского собрания, канцелярий уездных предводителей дворянства, купеческой, мещанской и ремесленной управ.
Фонды научных и образовательных учреждений включают документы Канцелярии попечителя Московского университета, Медико-хирургической академии, Высшего технического училища, лицея им. Цесаревича Николая, Высших женских курсов, Московского учебного округа, Дирекции народных училищ Московской губернии, Московского археологического общества, Общества любителей естествознания, антропологии и этнографии, Московского сельскохозяйственного общества, Общества содействия успехам опытных наук и их практических применений им. Х. С. Леденцова, многих гимназий.