В 1884 году из-за плохого грунта здание храма дало трещину, и его пришлось разобрать. Остались лишь склепы с захоронениями в подвале[3] (фамильный склеп Верзилиных и Шан-Гиреев).
Пятигорская городская дума весной 1893 года признала перестройку кладбищенской церкви нецелесообразной и постановила выстроить её на новом месте. Для строительства был отведен большой ровный участок за оградой у северных ворот кладбища[4]. В 1895 году заново началось строительство Лазаревской церкви, контроль за строительством которой осуществлял городской архитектор Василий Васильевич Графф. Он же был и автором проекта. Был залит фундамент[3]
17 октября 1903 года состоялось освящение храма[5] (по другим данным в октября 1902 года[6]). в Пятигорске новой каменной кладбищенской церкви, названной лазаревской в честь святого Лазаря.