Сын Михаила Харитоновича Харитонова (1837—1913), который был круглым сиротой, но многого достиг: стал чиновником Министерства Императорского Двора, получил за заслуги орден св. Владимира и личное дворянство. В 1882 году был определён отцом обучаться поварскому делу. Своё искусство Иван Харитонов совершенствовал в Париже[1]. В 1888 году был определен к Высочайшему двору поварским учеником второго разряда, затем — поваром второго разряда.
С 1891 по 1895 год служил на флоте. Отслужив и вернувшись ко Двору, стал старшим поваром императорской кухни.
После Февральской революции Харитонов заменил метрдотеля Императорской кухни Кюба, выехавшего из России. Находясь в ссылке, он давал уроки хлебопечения дочерям царя. Он делал всё от него зависящее, чтобы имеющимися ничтожными средствами радовать своих хозяев. Он часто утешал их в грустные минуты[1].
Расстрел в доме Ипатьева
Был расстрелян вместе со всей императорской семьёй в Екатеринбурге в Ипатьевском доме в ночь с 16 на 17 июля 1918 года. Погиб одним из первых от пуль расстрельной команды[1].
…не представляется возможным окончательное решение вопроса о наличии оснований для канонизации этой группы мирян, по долгу своей придворной службы сопровождавших Царскую Семью в период её заточения и принявших насильственную смерть. …наиболее подобающей формой почитания христианского подвига верных слуг Царской Семьи, разделивших её трагическую участь, на сегодняшний день может быть увековечение этого подвига в житии Царственных мучеников.
Правнук И. М. Харитонова, к. ист. н. Пётр Валентинович Мультатули является автором работ про Николая II и пишет об обстоятельствах расстрела Романовых и их слуг; автор биографического очерка о его прадеде.
Жизнеописание новомученика царского повара Иоанна Харитонова, убиенного 4 / 17 июля 1918 г. в Ипатьевском доме в Екатеринбурге / сост. Петр Мультатули. — Санкт-Петербург : Леушское изд-во, 2006. — 27, c. тираж 5000: — (Петербургский патерик).