↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 13 января 2022 года.
Фабиано начал карьеру в детской команде клуба «Рио Бранко». В 2006 году в возрасте восемнадцати лет он подписал контракт с «Сан-Паулу». 13 октября 2007 года в матче против «Флуминенсе» Фабиано дебютировал в бразильской Серии A[3][4]. На протяжении четырёх сезонов это было его единственное появление в чемпионате в составе «Сан-Паулу», несмотря на это обстоятельство он дважды стал чемпионом страны. Для получения игровой практики Фабиано на правах аренды выступал за команды низших дивизионов бразильского первенства «Толедо Ворк», «Санту-Андре», «Гремио Баруэри» и «Америку» из Натала.
В 2011 году после окончания контракта он перешёл в португальский «Ольяненсе». 13 августа в матче против лиссабонского «Спортинга» Фабиано дебютировал в Сангриш лиге[5]. он отыграл полностью весь сезон без замен и получил приглашение от «Порту»[6]. Фабиано подписал контракт на четыре года. Сумма трансфера составила 1,2 млн евро. 2 ноября в поединке против «Маритиму» он дебютировал за новую команду[7]. Изначально Фабиано переходил в стан драконов в качестве дублёра Элтона, но в сезоне 2014/2015 он выиграл конкуренцию и стал первым номером «Порту». 21 апреля 2015 года в матче Лиги чемпионов против мюнхенской «Баварии» Фабиано пропустил шесть мячей, это поражения стало самым крупным в истории португальского клуба в европейских турнирах[8]. В составе «Порту» он стал чемпионом и двукратным обладателем Суперкубка Португалии.