↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 25 мая 2024 года.
↑ Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах, обновлено по состоянию на 15 июня 2024 года.
Флорес начал профессиональную карьеру в клубе «Университарио». В 2011 году он был включён в заявку основы, после того, как с молодёжной командой выиграл молодёжный Кубок Либертадорес и стал его лучшим игроком. 1 августа в матче против «Хуан Аурич» Эдисон дебютировал в перуанской Примере, заменив во втором тайме Энди Поло[4]. 22 апреля 2012 года в поединке против «Леон де Уануко» Флорес забил свой первый гол за «Университарио»[5].
31 августа того же года он перешёл в испанский «Вильярреал», где начал выступать за вторую команду[6]. 30 сентября в матче против «Бадалона» он дебютировал в Сегунде, заменив во втором тайме Мои Гомеса[7]. 1 декабря в поединке против дублёров «Леванте» Флорес забил свой первый гол за новую команду[8]. Летом 2014 года Эдисон вернулся в «Университарио».
11 августа 2016 года Флорес перешёл в датский «Ольборг», подписав четырёхлетний контракт[9]. 15 августа в матче против «Эсбьерга» он дебютировал в датской Суперлиге[10]. 28 августа в поединке против «Орхуса» Эдисон забил свой первый гол за «Ольборг»[11].
13 января 2020 года Флорес перешёл в клуб MLS «Ди Си Юнайтед», подписав контракт по правилу назначенного игрока[14]. По сведениям прессы сумма трансфера составила $5 млн, а зарплата игрока — около $2 млн в год в течение пяти лет, включая бонусы[15]. В высшей лиге США он дебютировал 29 февраля в матче стартового тура сезона 2020 против «Колорадо Рэпидз»[16]. 25 августа в матче против «Нью-Инглэнд Революшн» Флорес, столкнувшись головами, получил множественные переломы костей лица, по поводу чего перенёс пластическую операцию[17]. На поле он вернулся шесть недель спустя, 11 октября в матче против «Чикаго Файр»[18]. В матче против «Чикаго Файр» 13 мая 2021 года он забил свой первый гол в MLS[19][20]. 23 мая в матче против «Филадельфии Юнион» Флорес повредил проксимальное сухожилие двуглавой мышцы бедра[21], из-за чего пропустил почти три месяца, вернувшись на поле 15 августа в матче против «Нэшвилла»[22].
23 июня 2022 года Флорес вернулся в чемпионат Мексики, перейдя в «Атлас»[23].
Летом 2019 года Эдисон был приглашён в сборную для участия в Кубке Америки, который состоялся в Бразилии. Во втором матче в группе против Боливии, отличился голом на 90-й минуте и одержал победу вместе с командой со счётом 3:1. В полуфинале против Чили забил гол и помог команде обыграть соперника со счётом 3:0.