История Фарафоново тесно связана с историей Окатово. После польско-литовских и шведских войн в XVII веке обе деревни превратились в пустоши. В XIX — начале XX века они принадлежали сначала помещику Головину, а затем Лутовинову. В 1872 году в Фарафоново насчитывалось 27 дворов. В начале XX века — 45 жилых домов.
После Октябрьской революции крестьяне обеих деревень объединились в небольшие артели. Во время ВОВ в Фарафоново немцы сожгли несколько домов.
Литература
Секретарь Л. А., Филиппова Л. А. По Приильменью. Путеводитель. Лениздат, 1991