Родился 30 июня 1942 года в Кая, Французская Западная Африка, в семье моси[3]. Учился медицине в республике Кот-д'Ивуар, в Школе военно-морской медицины в Бордо (Франция)[2], а затем прошёл специализацию по педиатрии в Страсбургском университете[4]. С 1976 по 1977 год был главным врачом в педиатрическом отделении больницы Ялгадо-Уэдраого в столице, Уагадугу Затем он отправился в 1981 году в город Мюлуз и специализированную клинику педиатрии. Окончил учебу со степенью доктора медицины, а так же со степенью в области спортивной медицины, педиатрии и защиты детей[5]. После возвращения из Франции в феврале 1982 года стал военным медиком в звании майора и главным врачом в военном госпитале в Уагадугу.
Президент
8 ноября 1982 года в результате произошедшего накануне военного переворота[англ.] стал председателем Временного комитета национального спасения фр.Comité intérimaire du salut national. 26 ноября 1982 года он был провозглашён главой государства[6] (фр.Chef d'état) и 10 января 1983 года назначил премьер-министром придерживающегося радикально левых взглядов капитанаТому Санкару. Однако под влиянием визита в страну французского президентских советников по делам Африки Жана-Кристофа Миттерана (сына президента Ф. Миттерана и Гая Пенна 16 мая 1983 года отстранил от обязанностей «слишком радикального» премьер-министра Тома Санкару за радикально левые взгляды и поместил его под домашний арест; близкие к нему офицеры Зонго и Лингани, проливийские и антифранцузские члены Комитета национального спасения также были арестованы. Пост премьер-министра был упразднён. Арест популярного главы правительства вызвало массовые демонстрации жителей Уагадугу. Они были подавлены, но положение властей стало крайне шатким[7].
27 мая Уэдраого объявил о разработке новой конституции в течение шести месяцев, затем к выборам, возвращению к гражданскому правлению и освобождению политических заключенных, Комитет национального спасения был распущен. Вскоре Т. Санкара был освобождён, но затем снова арестован, а его сторонники уволены из правительства.
4 августа 1983 года произошёл новый переворот, организованный Блезом Компаоре в пользу своего друга Т. Санкары, в результате которого Ж.-Б. Уэдраого (после боя в президентском дворце) был отстранён от власти[6][8].
23 августа Уэдраого был официально снят с поста министра национальной обороны, и его преемником стал Жан-Батист Букари Лингани[8]. Через два дня его уволили из армии[9] и арестовали.
Дальнейшая жизнь
С 1983 по 1985 год находился в тюремном заключении в г. По (провинция Нахури), в 150 км к югу от столицы, а с 1985 по 1987 — под домашним арестом.
Вернулся к медицине и основал 14 мая 1992 года клинику Notre-Dame de la Paix в Уагадугу, где работает сам вместе с двумя своими сыновьями[10]. Экс-президент страны Сангуле Ламизана скончался 27 мая 2005 года в возрасте 89 лет именно в этой клинике.
Хотя политикой не занимался, но в ноябре 2012 года выступил с речью от имени своего и другого бывшего президента, Сайе Зербо, выразив озабоченность по поводу коррумпированности властей Буркина-Фасо за предыдущие годы, и обвинив лидеров страны в бездействии по этому вопросу[11].
В начале 2014 года пытался выступать посредником в конфликте президента Блеза Компаоре и оппозиции[12], однако успеха не имел, в октябре того же года Б. Компаоре был свергнут.
В 2020 году выпустил книгу воспоминаний «Ma part de vérité» (Моя доля правды).