19 апреля 1853 года произведён в генерал-лейтенанты и назначен начальником 7-й пехотной дивизии.
Активный участник Крымской войны. 11 марта 1854 года командовал войсками во время переправы через Дунай и во взятии штурмом турецких укреплений у Тульчи. За отличие 21 марта того же года награждён орденом Святого Георгия 3-й степени. В 1855 году Ушаков со своей дивизией был отправлен в Крым, где она вошла в состав Севастопольского гарнизона и 4 августа сыграла важную роль в сражении на берегу реки Чёрная. Начинающий в это время писатель Л. Н. Толстой посвятил данному сражению песню, критикующую действия русского командования, в том числе и Ушакова (если быть объективным, то действия Ушакова не заслуживали критики, так как он мужественно сражался и получил за это золотую шпагу с надписью "За храбрость", украшенную алмазами).
В 1856 году Ушаков временно командовал 3-м корпусом, а в 1863 году, во время Польского восстания, назначен начальником Радомского военного отдела и принимал деятельное участие в рассеянии мятежников.
18 марта 1864 года Ушаков произведён в генералы от инфантерии и назначен членом генерал-аудиториата военного министерства. Он работал над проектированием и приведением в действие военно-судебной реформы.
