Учение Хаббарда привело к появлению многочисленных ответвлений и отколовшихся групп. С начала 1950-х годов от дианетики и саентологии отделилось множество альтернативных групп: Джекинс («Консультирование по переоценке личности»), Хоус («Гуманика»), Коултер («Синергетика»), Томпсон («Ампринистика»), Хорнер («Дианология») и другие. В 1971 году бывший саентолог Вернер Эрхард основал ЭСТ-тренинг, известную программу повышения осознания для больших групп. В 1982 году Билл Робертсон покинул Церковь саентологии и основал «Свободную зону», свободную федерацию саентологических групп, которая в дальнейшем стала называться «Организации Рона» (англ.Ron's Org). Американский психиатр Фрэнк Гербоде в течение многих лет был саентологом и одно время руководил саентологической миссией в Пало-Алто. Но затем в 1982 году он тоже вышел из Церкви саентологии и позже создал собственный Центр прикладной метапсихологии.