До появления европейцев область нынешнего города была значительно населена индейцами чимила и носила название Понгуэйка. Дата основания города не установлена из-за отсутствия документальных источников. Известно, что в 1585 году монах Томас Ортис основал приход, позднее сгоревший в огне. Затем он был повторно основан как город Фернандо де Миером и Гуэрра под названием Вилла-де-Сан-Хуан Баутиста-де-ла-Сьенага, но также был известен под именами Сан-Хуан-дель-Кордова, Альдеа-Гранде, Кордова, Пуэбло-де-ла-Сьенага и просто Сьенага.
Во время войны за независимость от Испании окрестности Сьенаги стал полем боя 10 ноября1820 года между лоялистами и патриотами.
6 декабря1928 года в Сьенаге случилась «Банановая резня» (Matanza de las bananeras), когда неизвестное количество работников United Fruit Company было убито вследствие решения правительства направить военные силы в конце месячной забастовки, организованной профсоюзом рабочих для того, чтобы требовать улучшения условий своего труда.
По данным Национального административного департамента статистики Колумбии, совокупная численность населения города и муниципалитета в 2012 году составляла 103 293 человека[4].
Динамика численности населения города по годам:
Численность населения по годам
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
101 985
102 193
102 400
102 615
102 835
103 066
103 293
103 293
Согласно данным переписи 2005 года мужчины составляли 49,5 % от населения города, женщины — соответственно 50,5 %. В расовом отношении белые и метисы составляли 85,4 % от населения города; негры — 13,9 %; индейцы — 0,7 %.[5].
Уровень грамотности среди населения старше 5 лет составлял 85,9 %.