Автор десяти книг, рассказов, стихов, эссе и десятков научных статей, опубликованных в Израиле, России, на Украине, в США, Англии, Германии, Франции, Нидерландах, Польше и Бразилии. Соболев — автор книг Тропы (1999, 2017), Иерусалим (2005), Res Judaica (2007), Евреи и Европа (2008), фундаментальной работы The Concepts Used to Analyze ‘Culture’: A Critique of Twentieth-Century Ways of Thinking (2010), The Split World of Gerard Manley Hopkins: An Essay in Semiotic Phenomenology (2011), Легенды горы Кармель: Четырнадцать историй о любви и времени (2016), Пробуждение (2019), Через (2020), На пороге (2020) и Воскрешение (2022).
Его роман «Иерусалим» был включен в «короткий список» премии Русский Букер за 2006 год. Роман «Легенды горы Кармель: Четырнадцать историй о любви и времени» — номинирован на премию Национальный бестселлер и АБС-премию (премию им. Аркадия и Бориса Стругацких).