Село Синьковка находится на расстоянии в 3 км от реки Оскол (левый берег).
Выше по течению на расстоянии в 2 км расположено село Лиман Первый (Двуречанский район),
ниже по течению на расстоянии в 2 км расположено село Петропавловка.
От реки село отделено лесным массивом (сосна).
Рядом проходит железная дорога, станция Синьковка.