В 1914—1918 гг. служил ординатором 2-го сводного эвакуационного госпиталя.
В 1919 году начал работать в Высшей медицинской школе (3-й МГУ), одним из основателей которой он был; в 1923—1924 гг. — её ректор. В 1924—1929 гг. — профессор 2-го МГУ[2]. С 1929 по 1957 гг. — заведующий кафедрой и директор клиники нервных болезней 1-го Московского медицинского института, сменив на этом посту Г. И. Россолимо.
В 1923—1930 гг. — депутат Моссовета. С 1939 года состоял в ВКП(б).
Работы Е. К. Сеппа посвящены проблемам эпилепсии, истерии, травматических поражений нервной системы, мозгового кровообращения, патогистологии, эволюции нервной системы.
в 1923 году он предложил «шлюзовую теорию», в которой сделал вывод о наличии в симпатической системе адаптационных функций, регулирующих количественную и качественную стороны процессов церебро-спинальной системы. В 1937 году он описал четверохолмный рефлекс и его изменения у человека. В период Второй мировой войны изучал проблемы военной медицины, в том числе воздушную контузию, каузалгию, травмы периферической нервной системы. Основной труд Е. К. Сеппа, посвящённый филогенезу нервной системы, «История развития нервной системы позвоночных от бесчерепных до человека» был впервые издан в 1949 году. В последние годы жизни Сепп переработал и дополнил книгу, вышедшую в 1959 году вторым, посмертным, изданием.
↑Сайт «Летопись Московского университета» утверждает, что в 1918–1930 гг. он был профессором кафедры систематического и клинического учения о нервных и душевных болезнях медицинского факультета Московского университета.
Никифоров А. С., Гусев Е. И.1.2. Развитие неврологии в России // Общая неврология : учебное пособие для системы послевузовского профессионального образования врачей (рус.). — М.: ГЭОТАР-Медиа, 2007. — 718 с. — ISBN 978-5-9704-0515-4.
Сепп Евгений Константинович // Сафлор — Соан. — М. : Советская энциклопедия, 1976. — С. 272. — (Большая советская энциклопедия : [в 30 т.] / гл. ред. А. М. Прохоров ; 1969—1978, т. 23).
Шмидт Е. В. К 75-летию со дня рождения Евгения Константиновича Сеппа // «Журнал невропатологии и психиатрии им. С. С. Корсакова». — 1953. — Т. 53. — № 8. — С. 669—671.