Территория поселения расположена в основном на правом берегу Шексны, на левом располагаются только деревни Харламово и Починок. Часть границы с Ирдоматским сельским поселением проходит по реке Конома. По территории также протекает река Пишковка — приток Шексны.
В 1999 году был утверждён список населённых пунктов Вологодской области. Согласно этому списку в состав Железнодорожного сельсовета входили 30 населённых пунктов[3].
20 марта 2001 года была упразднена деревня Гмызово[4]. С тех пор состав Железнодорожного сельсовета не изменялся.
В состав сельского поселения входят 29 населённых пунктов, в том числе
28 деревень,
1 село.