Сандзё Санэтоми родился в семье внутреннего министра (яп.内大臣) Сандзё Санэцуму. Во время кризиса сёгуната Токугава Сандзё выступал на стороне императора. После отставки Токугавы Ёсинобу и упразднения системы сёгуната Сандзё занимал ряд важных постов в имперском правительстве, включая посты правого (яп.内大臣) и главного министров (яп.太政大臣).
В 1889 году, после отставки правительства Куроды Киётаки император принял отставку и пригласил Сандзё Санэтоми возглавить правительство на несколько месяцев. Однако на сегодняшний день правительство Сандзё обычно рассматривается как продолжение правительства Куроды.