↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 9 июля 2023 года.
Сампедри начал карьеру в клубе «Атлетико Рафаэла». 27 сентября 2008 года в матче против «Олимпо» он дебютировал в Примере B[3]. 4 декабря в матче против «Лос-Андес» Френандо забил свой первый гол за «Атлетико Рафаэла»[4]. В 2010 году из-за низкой результативности Сампедри был вынужден покинуть команду и с переменным успехом выступал за клубы «Спортиво Бельграно», «Крусеро-дель-Норте», «Гильермо Браун» и «Бока Унидос» из низшего дивизиона Аргентины.
В начале 2015 года Сампедри перешёл в «Хувентуд Унида». 13 февраля в матче против «Дуглас Хаиг» он дебютировал за новую команду[5]. В этом же поединке Фернандо забил свой первый гол за «Хувентуд Унида». По итогам сезона он стал лучшим бомбардиром второго дивизиона, забив 25 мячей.