В 1902 году Ростовцев защитил диссертацию на степень доктора медицины и с 1903 года состоял профессором оперативной хирургии и десмургии в Юрьевском университете. В его круг научных и профессиональных интересов входили, главным образом, изучение воспалительных заболеваний кишечника и разработка методов лечения этих заболеваний.
В 1908 году организовал частные университетские курсы (Tartu eraülikool (эст.)), на которых до 1913 года был директором[1].
Михаил Ростовцев опубликовал ряд работ, напечатанных в «Больничной Газете Боткина» (с 1896 года), «Летописи Русской Хирургии» (с 3897), «Русском Архиве Патол., Клин. Мед. и Бактер.» (с 1898 года), «Медицинском Обозрении», «Die medic. Woche», «Allg. Wiener med. Zeitung» и других изданиях.