В 1982 году защитила докторскую диссертацию «Типология развития франкоязычных литератур стран Магриба».
Научный сотрудник Института Африки (1967-1968), Института востоковедения (с 1976) РАН.
Труды С. В. Прожогиной отмечены многочисленными грамотами Института востоковедения РАН, медалью Международного биографического центра Кембриджа «За научные достижения XX столетия». Активная общественная работа С. В. Прожогиной по защите интересов ученых отмечена медалью Московской федерации независимых профсоюзов и грамотой Президиума РАН.
Прожогина С. В. Рубеж эпох — рубеж культур (Проблемы типологии литературы на французском языке в странах Северной Африки). — М.: Наука. Главная редакция восточной литературы, 1984. — 288 с.
Прожогина С. В.Дрис Шрайби (Новое время в магрибинской литературе). — М.: Наука. Главная редакция восточной литературы, 1986. — 264 с. — (Писатели и ученые Востока). — 1700 экз.
Прожогина С. В. Современная литература Алжира : Учеб. пособие для вузов по спец. «Рус. яз. и лит.». — М.: Высшая школа, 1987. — 88 с.
Прожогина С. В. Между мистралем и сирокко: (Литература магрибинской диаспоры в конце XX века). — М.: Восточная литература, 1998. — 328 с. — 400 экз. — ISBN 5-02-018012-2.
Прожогина С. В. От Сахары до Сены (Литературное пространство франкоязычных магрибинцев в XX веке). — М.: Восточная литература, 2001. — 486 с. — 250 экз.
Прожогина С. В. Иммигрантские истории: (Документ. и лит. свидетельства магриб. писателей во Франции) / Сост., ввод. ст. и пер. С. В. Прожогиной. — М.: ИВ РАН, 2001. — 270 с.
Прожогина С. В. Тунисская элегия. Диалог Востока и Запада в творчестве тунисских писателей XXI в. — М., 2016.
Прожогина С. В. Смятение. Отражение борьбы с исламским интегризмом в литературе Алжира. — М.: ИВ РАН, 2017.
Прожогина С. В. Магрибинские лейтмотивы.. — М.: Белый ветер, 2018. — 419 с.
Прожогина С.В. Магрибинская франкоязычная новелла. - М.: ИВ РАН, 2019
В соавторстве
Власова О. А., Дербисалиев А. Б., Прожогина С. В. Литература Марокко. — М.: Восточная литература, 1993. — 320 с. — (История литератур Востока).
Дёмкина О. Н., Прожогина С. В. Литература Алжира. — М.: Восточная литература, 1993. — 336 с. — (История литератур Востока). — 400 экз. — ISBN 5-02-017655-9.
Али-заде Э. А., Асадуллин Ф. А., Юнусов К. О., Прожогина С. В. Литература Туниса. — М.: Восточная литература, 1993. — 242 с.
Крылова Н. Л., Прожогина С. В. «Смешанные браки»: Опыт межцивилизационного общения. — М.: Институт Африки РАН, 2002. — 320 с. — ISBN 5-201-04877-3.
Крылова Н. Л., Прожогина С. В. Метисы: кто они? (Проблемы социализации и самоидентификации). — М.: Институт Африки РАН, 2004. — 276 с. — 400 экз. — ISBN 5-201-04783-1.