Переписи населения Эстонии 2000 и 2011 годов показали, что православие, опередив лютеранство, стало крупнейшей христианской конфессией в стране за счёт увеличения числа атеистов среди этнических эстонцев. Согласно переписи 2011 года, численность православных в возрасте 15 лет и старше составила 176 773 человека (16 % населения страны)[3]. Согласно данным переписи 2021 года, доля православных от всего населения составляла 16%, что означало, что православные преобладали среди жителей страны, заявивших о своей религиозности (при том, число тех, кто не относил себя ни к какой религии в 2021 году составило 58%)[4].
Вероятнее всего, православие впервые появилось на территории Эстонии в X-XII веках благодаря проповедникам из Новгорода и Пскова, в её южных регионах, близких к Пскову. Первое упоминание православных конгрегаций в Эстонии датируется 1030 годом[5][источник не указан 1555 дней]. Примерно в 600 году н. э. эстонцы основали город Тарбату (сегодня Тарту). В 1030 году Киевский князь Ярослав Мудрый[6], захватил Тарбату и построил собственную крепость, которую назвал Юрьев. Также, якобы, в честь святого Юрия (Георгия) был назван храм. Храм просуществовал до 1061 года, когда, согласно хроникам, Юрьев был сожжен дотла, и все православные христиане изгнаны[7].
В результате северных крестовых походов в начале XIII века северная Эстония была завоевана Данией, а южная часть Эстонии — Тевтонским орденом, и впоследствии — Орденом меченосцев. В результате с того времени Эстония находилась под влиянием Западного христианства. Тем не менее, русским дозволялось впоследствии иметь православные общины. Одна из таких православных общин в городе Юрьеве (Дерпте), по летописным сведениям, подвергалась преследованиям со стороны местного немецкого католического духовенства, вследствие чего около 1470 года Юрьев был вынужден покинуть священник церкви Николая Чудотворца в городе — Иоанн, известный под именем Ионы Псково-Печерского[8][9]. Его собрат, Исидор, и бывшие с ним 72 прихожанина по приказу Дерптского католического епископа за за отказ перейти в латинство были утоплены в проруби в праздник Богоявления в реке Амовже в 1472 году (память 8 января по юлианскому календарю)[10].
Эстонская апостольская православная церковь Константинопольского патриархата возникла на основании Томоса Константинопольского патриарха Мелетия IV от 7 июля 1923 года, принявшего Эстонскую православную церковь в свою юрисдикцию на правах автономии как Эстонскую православную митрополию в ответ на обращение Собора Эстонской церкви от 23 сентября 1922 года о предоставлении автокефалии.
