Марко Попович происходит из баскетбольной семьи. Его отец, Петар Попович, много лет выступал за баскетбольный клуб «Задар» и в 1986 году помог ему выиграть чемпионат Югославии, мать также играла в баскетбол. Два двоюродных брата Марко, Арьян Комазец и Алан Грегов, выступали за сборную Хорватии, в составе которой в 1992 году стали серебряными призёрами Олимпийских игр[1].
Попович является воспитанником «Задара», в сезоне 1998/1999 он был переведён из молодёжного состава в основной. В 2000 году Попович переехал в США и в течение одного сезона играл за баскетбольную команду колледжа Южного Айдахо, выступавшую во втором дивизионе NCAA. Через год Марко вернулся в «Задар» и помог команде выиграть Кубок Хорватии и Адриатическую лигу. Перед началом сезона 2003/2004 Попович перешёл в испанскую «Валенсию», но уже в феврале 2004 года покинул её и вернулся в Хорватию, подписав контракт с загребской «Цибоной», с которой выиграл чемпионат Хорватии[2].
Летом 2005 года Попович перешёл в турецкий «Эфес Пилсен», которому помог выиграть Кубок Турции. В 2006 году хорват стал игроком каунасского «Жальгириса», с которым за два сезона выиграл два чемпионских титула, два национальных кубка и Балтийскую лигу[2]. В июле 2008 года Попович подписал контракт с казанским УНИКСом, по которому за два года он должен был заработать два миллиона евро[3]. За три сезона выступлений за УНИКС Попович набрал более 1000 очков в матчах чемпионата России[4], помог команде выиграть Кубок России в 2009 году и Кубок Европы в 2011 году, также хорват был признан самым ценным игроком финала Кубка Европы[5].
Летом 2011 года у Поповича закончился контракт с УНИКсом и, отказавшись от предложенного казанским клубом нового соглашения[6], он подписал двухлетний контракт с «Жальгирисом»[7]. В сезоне 2011/2012 хорват помог каунасскому клубу выиграть чемпионат, кубок и суперкубок Литвы, а также Балтийскую лигу[2].
Управленческая карьера
В декабре 2019 года Попович стал ассистентом генерального директора по работе с основой командой «Зенита»[8]. В июле 2020 года Марко покинул петербургский клуб в связи с истечением срока контракта[9].
