Первое название (Благовещенский) связано с Благовещенской церковью (первоначально деревянной, 1639—1649, заложенной в камне в 1785 году). Храм находился в конце Соборной улицы.
В доме Н. И. Лучшева (дом находился слева от главного входа в Благовещенский собор)[1] проживал в 1846—1856 годах сосланный в Томск Г. С. Батеньков.
В 1905 году на углу с современным проспектом Ленина был окончено постройкой здание торгового дома «Второв и сыновья».
В конце XIX века в переулок (в д. 5) перенес свой книжный магазин П. И. Макушин. В переулке работает публичная библиотека, ныне — в здании Второвского пассажа, основанная в 1899 году по решению думы Томска[источник не указан 3202 дня], с 1937 года библиотека носит имя А. С. Пушкина.
переулок Батенькова, д. 5
Новая история
После революции 1917 года здание торгового дома «Второв и сыновья» было занято под советские учреждения: губисполком, губсовпроф. На первом этаже работал магазин, в разное время называвшийся «Тысяча мелочей», «Товары для дома».
1 мая 1918 года в бывшем доме Ф. И. Деева инициативной группой художников К. К. Зеленевского, Н. Г. Котова, М. М. Полякова при участии скульптора П. Шарлаимова была открыта первая Сибирская народная художественная академия.
6 января 1926 года переулок был переименован в переулок Батенькова. В 1934 году Благовещенская церковь была закрыта и вскоре снесена, теперь на этом месте сквер (см. площадь Батенькова)
В 1974 году на улице был открыт специализированный магазин «Букинист» (д. 5), в магазине работал известный томский краевед В. И. Суздальский (1940—1996), сейчас магазину присвоено его имя.
