Флориану Пейшоту родился 30 апреля 1839 года в Ипиоке (сейчас — один из районов города Масейо в штате Алагоас). В 1863 году окончил военное училище в Рио-де-Жанейро, позже участвовал в Парагвайской войне, по окончании которой получил звание подполковника.
В 1884 году Пейшоту был назначен губернатором провинции Мату-Гросу и находился на этом посту до 1885 года. Пейшоту поддержал переход к республиканскому строю и после падения империи стал военным министром во временном правительстве Бразилии (1890—1891).
Пейшоту стал президентом первой бразильской республики после ухода в отставку первого президента, маршала Деодору да Фонсеки. Правомерность занятия им этого поста была под сомнением, поскольку 42-я статья первой республиканской конституции гласила, что вице-президент может занять пост президента после отставки последнего только в том случае, если истекло более половины срока его полномочий. Высшие военные чины из различных штатов опубликовали так называемый «Манифест тринадцати генералов», где выразили своё недовольство сложившейся ситуацией и потребовали проведения досрочных президентских выборов. На это Пейшоту ответил, что раз выборы первого президента не были прямыми и всеобщими в качестве исключения, то и он будет оставаться у власти в качестве исключения[1].
На посту президента
Заняв президентское кресло, Пейшоту предпринял ряд шагов по упрочению авторитарного режима, установленного своим предшественником[2]. В апреле 1892 года он объявил осадное положение после демонстраций оппонентов и публикации манифестов в федеральной столице. Он арестовал протестующих и сослал других в Амазонию. В сентябре 1893 года он не поддался угрозам восставшего бразильского военно-морского флота, а также выступлению федералистов в штатах Риу-Гранди-ду-Сул и Санта-Катарина, которые были жестоко подавлены.
Несмотря на свою низкую популярность и националистические тенденции, Пейшоту внёс большой вклад в усиление централизации власти, благодаря чему иногда его именуют «объединителем республики»[3] и «железным маршалом»[4].
В 1894 году город Дештерру, столица штата Санта-Катарина, был переименован в честь Пейшоту и получил название Флорианополис. Также именем Пейшоту назван муниципалитет Флориану-Пейшоту в штате Риу-Гранди-ду-Сул. Его изображение было на монете номиналом 2000 рейсов 1939 года, а также напечатано на банкнотах номиналом 100 крузейро, выпущенных в обращение в Бразилии в период с 1970 по 1980 год.