В 1999 году создала Transparency International — Россия (российский филиал международной антикоррупционной организации Transparency International) и до 2014 года была генеральным директором отделения. В 2011—2017 году входила в правление глобальной организации Transparency International, в 2014—2017 годах была её вице-президентом[3]. В феврале 2017 года стала исполнительным директором Transparency International[4], но в том же году ушла с должности[5]. С 2019 года является Председателем Совета Центра Трансперенси Интернешнл — Россия.
В 2007—2018 годах преподавала в Высшей школе экономики (ВШЭ), читала курсы «Основы антикоррупционной политики» и «Стратегии противодействия коррупции»[6]. В 2009 году[7] совместно с ректором Высшей школы экономики (ВШЭ) Ярославом Кузьминовым основала Проектно-учебную лабораторию антикоррупционной политики и стала её заведующей[8]. В 2018 году покинула ВШЭ[8].
В 2021 году вместе с Антоном Поминовым и Тимуром Какабадзе создала «Бюро этических дилемм» и стала его руководителем. Бюро занимается консультированием бизнеса и некоммерческих организаций по вопросам профессиональной этики[источник не указан 15 дней].
Руководство по практическому противодействию злоупотреблению административным ресурсом на выборах / Под общ. ред.: Е. А. Панфилова, С. Н. Шевердяев. М. : Де Ново, 2005[15].
Panfilova E. Trust comes from within, in: OECD Yearbook 2013. P. : OECD Publishing, 2013. P. 71-73[16].