Родился в Жабоатан-дус-Гуарарапис (штат Пернамбуку). Начал играть в пляжный футбол в семь лет. Выступал за команду СЕСК Пьедад. Помимо пляжного футбола занимался обычным футболом и мини-футболом. В 17 лет впервые сыграл на крупном соревновании по пляжному футболу в составе сборной Пернамбуканы на Кубке Нордесте 2011 года, где на двух из трёх этапах признавался лучшим вратарём. Позднее он с клубом «Санта-Крус» стал победителем Кубка Бразилии[1].
Успехи молодого футболиста отметил тренер сборной БразилииГуставо Злокковик, который в 2012 году пригласил Падилью на роль третьего вратаря. Поскольку он добился признание в данном виде спорта, Рафа решил прекратить занятия в мини-футболе, где успел поиграть за «Санта-Крус» и «Спорт». Накануне старта чемпионата мира 2015 года Падилья был одним из кандидатов на поездку в Португалию, но в итоге тренер Александре Соареш оставил его за бортом соревнований. После прихода на тренерский мостик Жилберту Кошты, Рафа стал дублёром опытного Мао[1].
Впервые на мундиале Рафаэль сыграл в 23 года на чемпионате 2017 года, прошедшем на Багамах, где вместе с командой завоевал золото. Впоследствии он сыграл на провальных для Бразилии турнирах 2019 года в Парагвае и 2021 года в Москве, где южноамериканцы не смогли попасть даже в число четырёх сильнейших команд[2]. Всего за сборную Рафа провёл около 100 матчей[1].
На клубном уровне на родине играл за «Васко да Гама» и «Фламенго». В Бразилии Рафа предпочитает играть в зимний период, а с началом летнего сезона в Европе перебирается через океан, где обычно защищает цвета португальской «Браги»[1]. Кроме того в его активе есть выступления за итальянскую «Катанию» и латвийскую «Ригу»[2].
По итогам 2021 и 2022 годов включался в число 100 претендентов на получение звания лучшего игрока мира в пляжный футбол[3][4]. В марте 2024 года за спортивные успехи был награждён городским советом Жабоатан-дус-Гуарараписа медалью Видаля де Негрейруша[5].