Покинув администрацию Буша в 2008 году Нильсен основала компанию Sunesis Consulting. В онлайн-профиле компании она указана как единственный сотрудник, а номер телефона фирмы является личным мобильным телефоном Кирстен Нильсен[4].
11 октября 2017 года президент Трамп предложил Кирстен Нильсен на должность министра внутренней безопасности США[6]. 5 декабря была утверждена Сенатом 62 голосами против 37[7].
В июне 2018 года стала одним из основных действующих лиц скандала, вызванного ужесточением иммиграционной политики, когда аресты нелегальных иммигрантов пограничными патрулями привели к разделению семей — дети задержанных родителей оказывались без попечения взрослых родственников[8].
19 июля 2018 года в ходе Форума Аспенского института[англ.] по безопасности заявила, что Россия определённо вмешивалась в американские президентские выборы 2016 года, но не с целью оказать содействие Дональду Трампу или вообще какой-либо из американских политических партий, а с целью дезорганизации политических процедур в США[9].
7 апреля 2019 года президент Трамп объявил в своём Твиттере об отставке Нильсен и назначении исполняющим обязанности министра внутренней безопасности комиссара Погранично-таможенной службы США Кевина Макалинана[10].
