Совместно с Дмитрием Быковым издал 1 апреля 1995 года приложение к еженедельнику «Собеседник» — «матерную газету» «Мать»[5], был фигурантом (совместно с Быковым) уголовного дела за употребление нецензурных выражений в печати[6][7]. Главы его первой книги «Апгрейд обезьяны» публиковались в газете «Новый Взгляд» и журнале «Секрет&Тайна».
Осенью 1996 года был фигурантом уголовного дела и привлекался к суду из-за своей профессиональной деятельности: по факту издания им (совместно с Дмитрием Быковым) «нецензурной» газеты «Мать»[8].
Председатель Атеистического общества Москвы (АтОМ)[9].
В сентябре 2009 года прокуратура Санкт-Петербурга предписала изъять книгу А. Никонова «Апгрейд обезьяны» из продажи (по мнению прокуратуры, в книге содержится призыв к легализации наркотиков). Спустя год вышло переиздание «Апгрейда» под названием «Венец творения в интерьере мироздания», дополненная и улучшенная по сравнению с оригинальной книгой и без скандальной главы про наркотики[10].
В феврале 2010 года Общественная палата Российской Федерации и Союз журналистов России (СЖР) обсудили статью Никонова под названием «Добей, чтоб не мучился», опубликованную в декабре 2009 года газетой «Спид-инфо», в которой журналист предлагал дать родителям право применять эвтаназию при рождении детей с некоторыми неизлечимыми патологиями мозга (не допускающими формирования у ребёнка полноценной личности), называя таких детей «болванками для будущей личности» и «бракованными дискетами»[11]. Публикация вызвала широкий общественный резонанс[12]. В прессе началась травля Никонова[13][14][неавторитетный источник]. По итогам заседания общественной коллегии по жалобам на прессу СЖР вынес решение, что статья «находится на грани экстремизма», а также написана «непрофессионально»[15]. Журналист Александр Минкин в эфире радиостанции «Эхо Москвы» потребовал «закрыть к чёртовой матери „СПИД-инфо“»[16]. Экономист Ирина Ясина заявила по поводу Никонова: «Как хочется для него не только морального осуждения, но и реального приговора»[17]. Некоторые коллеги (Алексей Венедиктов, Евгений Додолев, Виктор Лошак, Павел Шеремет) выступили в защиту журналиста, так как сочли, что нарушается свобода слова[18].
С июня 2013 года по май 2015 года являлся председателем Федерального политического совета зарегистрированной в 2012 году партии «Россия без мракобесия»[19].
С 3 декабря 2018 по 14 февраля 2019 года — один из ведущих программы «Вежливые люди» на телеканале НТВ[20]. Также принимает участие в ток-шоу этого же телеканала «Место встречи» с Андреем Норкиным[21].
Хуёвая книга. — М.: Васанта, 1994. — 159 с. — 20 000 экз.
Диалоги о будущем
Сливки. Портреты выдающихся современников кисти А. Никонова. — М.: Глобулус, 2004. — 160 с. — 10 000 экз. — ISBN 5-94851-092-1, ISBN 5-93196-317-0. 2-е изд. — Сливки. Зеркало для героев нашего времени. — СПб.: «Питер», НЦ ЭНАС, 2009. — 288 с. — 2500 экз. — ISBN 978-5-498-07543-3
Апгрейд обезьяны. Большая история маленькой сингулярности. — М.: ЭНАС, 2005. — 352 с. — 5000 экз. 2-е изд. — Апгрейд обезьяны. Большая история маленькой сингулярности. — М.: ЭНАС, 2008. — 496 с. — 5000 экз. — ISBN 978-5-388-00054-5, ISBN 978-5-93196-758-5
Russian X-Files. Сеансы чёрной и белой магии с разоблачением. — М.: ЭНАС, 2005. — 216 с. — 5000 экз. — ISBN 5-93196-563-7. 2-е изд. — За гранью реальности. Объяснение необъяснимого. — СПб.: «Питер», 2008. — 304 с. — 3000 экз. — ISBN 978-5-388-00456-7
Конец феминизма. Чем женщина отличается от человека. — М.: ЭНАС, 2005. — 256 с. — 5000 экз. 2-е изд. — Конец феминизма. Чем женщина отличается от человека. — М.: ЭНАС, 2008. — 368 с. — 5000 экз. — ISBN 978-5-388-00053-8, ISBN 978-5-93196-823-0
Судьба цивилизатора. Теория и практика гибели империй. — М.: ЭНАС, 2006. — 256 с. — 5000 экз. 2-е изд. — Судьба цивилизатора. Теория и практика гибели империй. — М.: ЭНАС, 2008. — 360 с. — 5000 экз. — ISBN 978-5-388-00052-1, ISBN 978-5-93196-821-6
История отмороженных в контексте глобального потепления. — М.: ЭНАС, 2007. — 296 с. — 5000 экз. — ISBN 978-5-93196-709-7. 2-е изд. — История отмороженных в контексте глобального потепления. — М.: ЭНАС, 2009.
Свобода от равенства и братства. Моральный кодекс строителя капитализма. — М.: ЭНАС, 2007. — 360 с. — 10 000 экз. 2-е изд. — Свобода от равенства и братства. Моральный кодекс строителя капитализма. — М.: ЭНАС, 2008. — 480 с. — 5000 экз. — ISBN 978-5-93196-870-4, ISBN 978-5-388-00149-8
↑Ларина К., Петровская И.Человек из телевизора (неопр.). Эхо Москвы (10 февраля 2010). Дата обращения: 5 декабря 2017. Архивировано 6 декабря 2017 года.