2 июля 1861 года прибыл в Хакодате. Первые годы своего пребывания в Японии самостоятельно изучал японский язык, культуру и быт японцев.
Первым японцем, обращённым им в православие, несмотря на то, что обращение в христианство было запрещено законом, стал синтоистский священнослужительТакума Савабэ, получивший сан по наследству после смерти приёмного отца. Павел родился в семье самурая и крестился в числе двух других японцев весной 1868 года[2].
За полвека служения в Японии покидал её только дважды: в 1869—1870 и в 1879—1880 годах. В 1870 году по его ходатайству была открыта русская духовная миссия в Японии с центром в Токио (с 1872 года[3]) — в ведении Камчатской епархии. 17 марта 1880 года определением Святейшего синода ему указано быть епископом Ревельским, викариемРижской епархии, с откомандированием в Японию; 30 марта 1880 года в Троицком соборе Александро-Невской лавры хиротонисан во епископа[4].
В процессе миссионерской деятельности отец Николай перевёл на классический японский языкСвященное Писание, другие богослужебные книги, создал духовную семинарию, шесть духовных училищ для девочек и мальчиков, библиотеку, приют и другие учреждения. Издавал православный журнал «Церковный вестник» на японском языке. Согласно рапорту Святейшему синоду, на конец 1890 года православная церковь в Японии насчитывала 216 общин, а в них 18 625 христиан[4].
8 марта 1891 года был освящён кафедральный Воскресенский собор в Токио, называемый японцами Никорай-до (ニコライ堂).
Во время русско-японской войны остался со своей паствой в Японии, однако в общественных богослужениях участия не принимал, так как, согласно чинопоследованию богослужений (и благословению самого Николая Японского), японские христиане молились о победе своей страны над Россией: «Сегодня по обычаю я служу в соборе, но отныне впредь я уже не буду принимать участия в общественных Богослужениях нашей церкви… Доселе я молился за процветание и мир Японской империи. Ныне же, раз война объявлена между Японией и моей родиной, я, как русский подданный, не могу молиться за победу Японии над моим собственным отечеством. Я также имею обязательства к своей родине и именно поэтому буду счастлив видеть, что вы исполняете долг в отношении к своей стране»[5].
16 / 29 февраля 1904. <…> Я здесь не служитель России, а служитель Христа. <…> дело Христа — не как дело России — прямо, честно, крепко истинно, не к поношению, а к доброму концу приведет. <…> А ты, мое бедное Отечество, знать, заслуживаешь того, что тебя бьют и поносят. Зачем же тебя так дурно управляют? Зачем у тебя такие плохие начальники по всем частям? Зачем у тебя мало честности и благочестия?[6]
20 мая / 2 июня 1905. Пятница. Не морская держава Россия. Бог дал ей землю, составляющую 6-ю часть света и тянущуюся беспрерывно по материку, без всяких островов. И владеть бы мирно ею, разрабатывать ее богатства, обращать их во благо своего народа; заботиться о материальном и духовном благе обитателей ее. А Русскому Правительству все кажется мало, и ширит оно свои владения все больше и больше; да еще какими способами! Манчжуриею завладеть, отнять ее у Китая, разве доброе дело? «Незамерзающий порт нужен». На что? На похвальбу морякам? Ну вот и пусть теперь хвалятся своим неслыханным позором поражения. Очевидно, Бог не с нами был, потому что мы нарушили правду. <…> «Зачем вам Корея?» — вопросил я когда-то Адмирала Дубасова. «По естественному праву она должна быть наша, — ответил он <…> Корея у наших ног, мы не можем не протянуться до моря и не сделать Корею нашею». Ну вот и сделали! Ноги отрубают![7]
Провал войны и революционные события в России заставили Николая подвести итог:
9/22 мая 1906. Вторник. День Святителя Николая Чудотворца <…> пришлось с горечью сказать: «Нет у нас Отечества! Россия — этнографический материал в пользу других народов, больше ничего». Дай Бог, чтобы это была неправда![8].
Когда в Японию стали прибывать русские пленные (общее их число достигало 73 тыс. человек), епископ Николай с согласия японского правительства образовал Общество духовного утешения военнопленных. Для окормления пленных им были отобраны пятеро священников, владевших русским языком. Пленные снабжались иконами и книгами. Владыка неоднократно обращался к ним письменно (самого Николая к пленным не пускали).
24 марта 1906 года возведён в сан архиепископа Токийского и всея Японии. В том же году было основано Киотоское викариатство.
После кончины архиепископа Николая японский император Мэйдзи лично дал разрешение на захоронение его останков в пределах города, на кладбище Янака.
10 апреля 1970 года решением Священного синода Московского патриархата причислен к лику святых. Его канонизация, совершенная в рамках международной деятельности Русской
Православной Церкви, прошла тихо и незаметно, что ставилось властями условием для её разрешения[9]. Служба ему была написана митрополитом Ленинградским и Новгородским Никодимом (Ротовым) и опубликована в 1978 году[10].
В 1998 году в деревне Береза Оленинского района установлен Поклонный крест в память о Николае Японском[11]. 16 февраля 2003 года в поселке Мирный Оленинского района освящен Храм Святого Равноапостольного Николая Японского[12]. Летом 2023 года у храма установлен памятник святому[13]. 6 сентября 2023 года, при участии губернатора Тверской области Игоря Рудени, в деревне Береза, на месте родительского дома Николая Японского, открыт памятник, построенный телеканалом «Спас» на средства, собранные зрителями канала[14].
↑Николай Японский, св. Дневники святого Николая Японского: в 5 тт. Т. 5 / Сост. К. Накамура. — С.-Пб.: Гиперион, 2004. — С. 30. — 960 с. — ISBN 5-89332-095-6.
↑Николай Японский, св. Дневники святого Николая Японского: в 5 тт. Т. 5 / Сост. К. Накамура. — С.-Пб.: Гиперион, 2004. — С. 237. — 960 с. — ISBN 5-89332-095-6.
↑Николай Японский, св. Дневники святого Николая Японского: в 5 тт. Т. 5 / Сост. К. Накамура. — С.-Пб.: Гиперион, 2004. — С. 330. — 960 с. — ISBN 5-89332-095-6.
Гавриков А. А. Архиепископ Николай и русско-японская война // Учителя, ученики… (материалы региональной научно-теоретической конференции, посвященной 90-летию В. И. Дулова). — Иркутск, 2003. — кн. 2 — C. 20-23.
Суханова Н. А. Цветущая ветка сакуры: История Православной Церкви в Японии. — М., 2003;
Гавриков А. А. Святитель Николай и его «Письма из Японии»: по страницам «Московских ведомостей» // Восток. — М., 2007 — № 5. — C. 127—131
Гавриков А. А. Святой равноапостольный Николай Японский. «Воззвание… к Русской Церкви» // Альфа и Омега. — М., 2011 — № 1 (60). — C. 152—172.
Павлович Н. А. Святой равноапостольный архиепископ Японский Николай : жизнеописание. — Москва : Издательство ПСГТУ, 2017. — 141 с. — ISBN 978-5-7429-1120-3 — 300 экз.
Николай (Оно), иером. Вклад миссионеров, бывших самураев Сендайского княжества, в становление Японской Православной Церкви // Угрешский сборник. Труды преподавателей и магистрантов Николо-Угрешской православной духовной семинарии. — М., 2017. — Вып. 7. — С. 100—106.
Николай (Оно), иером. Меж двух огней: Русско-японская война 1904—1905 гг. // Церковь и время. 2018. — Январь-март. — № 82. — С. 209—228.
Николай (Оно), иером. Святитель Николай Японский и ежегодные соборы Японской православной церкви в период ее становления // Христианство на Ближнем Востоке. 2018. — № 1. — С. 31-40