Первоначально в Стрелецкой слободе (примыкала к северной стороне Симбирского кремля) находилась деревянная однопрестольная церковь во имя Казанской иконы Божией Матери, освящённая 31 августа 1651 г. Не ранее 1708 года при Казанской церкви с восточной стороны построена Никольская церковь, и она становится двухпрестольной. В 1768 году были построены каменные одноэтажная церковь и сторожка. После постройки в непосредственной близости от неё Губернаторского дома Никольская церковь стала называться «Дворцовой». В 1792-1796 годах обветшавшая Казанская церковь была построена вновь как каменная тёплая церковь, которая была освящена 9 мая 1796 г.
Здание церкви сочетало в себе элементы русского стиля (закомары, кокошники, шатровые и луковичные главки) и формы русского барокко. Это придавало церкви облик «оригинальности», но без «пестроты, с соблюдением строгой соответственности и приличия, красоты и прочности». Автор проекта неизвестен.
В 1796-1801 годах обе церкви были построены заново и впоследствии освящены 25 августа 1801 г. При этом обе части, тёплая и холодная, существовали как самостоятельные храмы, не имеющие соединительного входа. Тёплая, западная, посвящена в честь Казанской иконы Божией Матери, а холодная, восточная — во имя св. Николая Мирликийского. Этим фактом и объясняется давнишнее существование двух названий церкви[3].
В Симбирском пожаре 1864 года церковь сильно пострадала от пожара и была восстановлена в 1866 году. Во второй половине XIX века неоднократно ремонтировалась и обновлялась, но всегда считалась наиболее красивой церковью в городе.
В 1870 году в ней крестили В. И. Ульянова (Ленина)[4][5].
В 1875 году при церкви было учреждено братство св. Николая Чудотворца, которое должно было «способствовать благолепию храма св. Николая Чудотворца и … помогать вообще нуждающимся воспитанникам учебных заведений города». Предметом своих попечений братство избрало воспитанников недавно открытой Симбирской военной гимназии. После постройки в гимназии в 1879 году домовой церкви братство было причислено к этой церкви. На 1882 год церковь занимала 158 кв. саж. Приход этой церкви составлял 1378 чел. (1916 год). Церковь входила в число охраняемых архитектурных памятников города Ульяновска.
12 (24) января 1897 года в этой церкви венчался Григорий Суров с Елизаветой Васильевной, свидетелем на свадьбе был Алексей Аладьин[6].
На 1900 год в храме было два престола: в холодном (восточном) — во имя Святителя и Чудотворца Николая и в тёплом (западном) — в честь Казанской иконы Божьей Матери. Причт состоял из священника и псаломщика. У священника был собственный дом, псаломщик жил на квартире. Капитал Причта 3150 руб. 14 коп. Прихожан в городе Симбирске в 43 дворах — 114 м. и 125 женщин[7].
В апреле 1930 года церковь ещё функционировала, относилась к обновленческому течению. Но в июне 1930 года уже были сняты и изъяты колокола общим весом 237 пудов 20 фунтов. На её колокольне было 9 колоколов. Главный из них весил 138 пудов. Церковь была закрыта в 1931 году постановлением большого президиума Ульяновского горсовета РК и КД от 22-23 сентября 1931 г. на основании «заключения технической комиссии… о закрытии как угрожающую опасностью», а в 1932 году была разобрана[8][9].
В 2014 году в сквере «Возрождения Духовности» Никольской церкви установлен памятный знак[10].
Посещение церкви Высокими Особами
Ввиду того, что церковь примыкала к Губернаторскому дому, то её посещали Высокие Особы:
В иконостасе, за правым клиросом, была помещена особо чтимая икона святителя Николая, по преданию принадлежавшая стрельцам. За левым клиросом — икона Владимирской Божьей Матери. У правой стены на особом киоте — небольшая икона святителя Николая с надписью, что эта икона «сооружена от усердия нижних чинов Саратовской команды внутренней стражи 1828 года»[13].
Евангелия (1784 г.), напрестольные кресты, потир 1814 года, дарохранительницы (1789 г.), сосуды, венцы, церковные книги XVIII века[13].
Церковь Николая Чудотворца // Ульяновская — Симбирская энциклопедия : в 2 т. / ред. и сост. В. Н. Егоров. — Ульяновск : Симбирская книга, 2000—2004. — С. 289.
Репьёв «Симбирский край». — Париж, 1935. — С. 441.
Н. Баженов Статистическое описание соборов, монастырей, приходских и домашних церквей Симбирской епархии по данным 1900 г. (Приложение к Симбирским Епархиальным Ведомостям за 1903 год) Симбирск, Типо-литография А. Т. Токарева., 1903
Ахмеров В. Исторические храмы Симбирского-Ульяновского края. Церковь Николая Чудотворца // Улпресса.
Губайдуллов, Радий Зиганшович. Исторические храмы Симбирского-Ульяновского края. 1 том. Недействующие храмы / Р. З. Губайдуллов, С. Н. Шаповалов. — Ульяновск : Корпорация технологий продвижения, 2011. — 199 с.
Зерцалов А. Н. Материалы по истории Симбирского края ХVI-го и ХVII-го вв. Издание Симбирской Губернской Ученой Архивной Комиссии под ред. В. Э. Красовского. Симбирск, 1900 г, стр. 91-96.
Яхонтов, Александр Кузьмич.Церкви города Симбирска : (историко-археологическое описание) : в память 250-летия города / Александр Яхонтов. — Симбирск : Типо-лит. А. Т. Токарева, 1898.
А. П. Боголюбов. Альбом «Путешествие по России», 1868 г.
К. Победоносцев и И. Бабст «Письма о путешествии Государя Наследника Цесаревича по России от Петербурга до Крыма», 1864 г.