Свой первый Кубок Стэнли в карьере Нидермайер завоевал в сезоне 1994-1995, в котором его «Нью-Джерси» смогли победить в финале «Детройт Ред Уингз» со счётом 4-0, что явилось большой сенсацией, поскольку фаворитом в финале был «Детройт». Этот Кубок Стэнли также стал первым в истории команды «Нью-Джерси Девилз».
В 2000 году Нидермайер и «дьяволы» завоевали свой второй Кубок Стэнли, победив в финале «Даллас Старз». «Девилз» дошли до финала Кубка Стэнли и в следующем сезоне, однако проиграли «Колорадо Эвеланш» в семи играх.
39 очков Нидермайера в регулярном сезоне и 18 очков в плей-офф в сезоне 2002-2003 помогли «Нью-Джерси» выиграть третий Кубок Стэнли за последние 8 лет.
Из-за локаутав сезоне 2004-2005 Нидермайер пропускает весь сезон. По окончании этого сезона Нидермайер становится неограниченно свободным агентом, 4 августа 2005 года покидает «Нью-Джерси», за который отыграл 12 сезонов, и заключает четырёхлетний контракт на сумму $27 млн с командой «Анахайм Дакс»[3]. Стало известно, что «Девилз» предлагали Нидермайеру новый максимальный контракт на сумму $7,8 млн в год, который сделал бы Нидермайера самым высокооплачиваемым игроком команды, однако он изъявил желание перейти в «Анахайм», чтобы играть вместе со своим братом Робом[3]. Перед сезоном 2005-2006 Скотт получил капитанскую нашивку в «Дакс», сменив на этом посту Стива Руччина, перешедшего в «Нью-Йорк Рейнджерс». В своём первом сезоне за «уток» Нидермайер набрал рекордные для себя 63 очка в регулярном сезоне и помог «Анахайму» дойти до финала западной конференции, в котором они проиграли «Эдмонтону».
В следующем сезоне Нидермайер вновь улучшает личный рекорд результативности, набирая 69 очков. В плей-офф этого сезона Скотт и «Анахайм» доходят до финала, в котором побеждают «Оттаву Сенаторз» в пяти матчах, и завоёвывают первый в истории «Анахайма» и четвёртый в карьере Нидермайера Кубок Стэнли. По окончании сезона Нидермайеру был вручён «Конн Смайт Трофи», как самому полезному игроку в плей-офф.